xryao 发表于 2021-8-27 14:59
好的，谢谢你，看你构建盒子都花了这么长时间，感觉我的盒子构建过程一文不值。

其实正常的packmol构建盒子时间尺度没这么长时间 即便分子很多 10分钟（几万个分子以内）就构建好了，构建时间过长我感觉可能是提供的pdb文件本身有问题 我也是刚学没多久 很多不懂得地方

UPC-Ning 发表于 2021-8-27 11:50
我使用的GROMOS96 54a7力场 总共4种分子 其中一种分子采用了全原子模型 其余三种原子采用联合原子 因此在 ...

xryao 发表于 2021-8-27 09:45
你好，再问一下，你的初始结构不合理指的是盒子构建不合理嘛？

我使用的GROMOS96 54a7力场 总共4种分子 其中一种分子采用了全原子模型 其余三种原子采用联合原子 因此在构件盒子的时候都跑了很长时间（大概8,9个小时？的样子吧），系统LINCS报错也是在使用全原子模型的分子上进行报错 我记得是说.top文件和构件的.pdb盒子信息不匹配 一直没办法解决这个报错 即便maxwarn后能量最小化和nvt时盒子构型保持的还可以 但 npt时盒子直接扭曲了 跑个1000步左右直接停了

sobereva 发表于 2021-8-27 09:11
对于动力学目的，用RESP2(0.5)原理上最佳
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva ...

好的，谢谢老师，我去看看重新计算试试。

UPC-Ning 发表于 2021-8-26 10:34
我也遇到过类似的问题 mdrun之后开始输出step.pdb文件 这种LINCS warning报错的原因有很多 我的是初始结构 ...

你好，再问一下，你的初始结构不合理指的是盒子构建不合理嘛？

xryao 发表于 2021-8-27 08:53
电荷为0时可以跑成功，我改成ADCH电荷也能跑成功，但是RESP电荷是否更合理些？

对于动力学目的，用RESP2(0.5)原理上最佳
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

418086011 发表于 2021-8-26 11:07
是的。你可以先把所有的电荷先设置为0跑跑看，如果没有报错就很有可能是电荷的问题了

电荷为0时可以跑成功，我改成ADCH电荷也能跑成功，但是RESP电荷是否更合理些？

UPC-Ning 发表于 2021-8-26 10:34
我也遇到过类似的问题 mdrun之后开始输出step.pdb文件 这种LINCS warning报错的原因有很多 我的是初始结构 ...

好的，谢谢你

xryao 发表于 2021-8-25 14:05
谢谢回复，也是用multiwfn计算的嘛

是的。你可以先把所有的电荷先设置为0跑跑看，如果没有报错就很有可能是电荷的问题了

我也遇到过类似的问题 mdrun之后开始输出step.pdb文件 这种LINCS warning报错的原因有很多 我的是初始结构设置不合理 你可以对照原因自己找下

418086011 发表于 2021-8-25 10:10
遇到过类似问题，后来我改成ADCH电荷就好了

谢谢回复，也是用multiwfn计算的嘛

遇到过类似问题，后来我改成ADCH电荷就好了