mopac优化溶质+溶剂层体系出错

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发布时间: 2021-8-26 16:12

按照卢老师的教程构建显式溶剂体系，先是用amber进行heat&cool产生的5A之内的水分子的结构，然后打算用mopac进行半经验优化，但是优化后水分子的分布很奇怪，看起来像是水分子都连到了一起，不知道是哪里出了问题 ...

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喵星大佬 发表于 Post on 2021-8-27 11:27:17

检查一下质子化状态和电荷，图上看不清楚，看下输出文件里轨道对不对

sobereva 发表于 Post on 2021-8-27 06:52:32

借助这个工具看看优化过程中H是怎么移动的
MOPAC2XYZ：将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具
http://sobereva.com/212

如果O-H逐渐伸长，导致H和其它的水的O开始连上了，说明优化有问题。把溶剂模型去掉再试试，或者改用PM7试试

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