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离子在水中的迁移快慢的扩散系数计算问题

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发布时间: 2021-8-27 12:59

正文摘要:

大家好,最近在利用GROMACS算不同粒子在水溶液中扩散系数,目的是比较不同离子在水中的迁移快慢。 现在对概念没有理清楚请求大家解答 我是通过计算速度自相关函数,再进行积分得到D(msd图非常乱不好选区因此采用 ...

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EdwardLimit 发表于 Post on 2022-5-16 13:30:46
1. 自扩散系数为离子极低浓度下,即仅考虑环境对离子的影响下的扩散系数。浓度项的引入会引入离子和离子间的相互作用,此时扩散称为Transport-diffusivity, 相应的扩散系数称为Transport-diffusivity coefficient.

2. 你这种属于分子扩散, 对流扩散这个概念的研究对象是流体微团和MD不是一个尺度,即对流扩散研究流体流动对物理场的影响。

3. 不是一个概念,爱因斯坦算的是自扩散系数,和环境中的浓度无关,运动受到的力主要来源于环境给予的随机力。菲克中的扩散系数,是要考虑浓度的,运动受到的力来源于环境和相同的离子。 这里补充一点,课本里面把Fick定律中的D视为常数的原因是 I. 扩散物质为常温下气体分子,分子间相互作用力可被忽略,此时爱因斯坦和菲克的相等。II. 扩散物质为常温下液体分子,此时在环境中的扩散系数其实是要考虑浓度的,但课本为了降低问题维度便于理解,都是在浓度较低的情况下讨论扩散问题,此时客体分子间的相互作用,小于环境与客体的相互作用,扩散系数近似等于爱因斯坦罢了。

4. 在MD里面,若不涉及Rare Event算出来D是多少就是多少,理论是理论,程序是程序,先有结果在有理论分析,意思是,扩散无非是描述一定时间下的位移量,不同的扩散无非是人为的分类罢了,别把问题搞复杂了,算出来的扩散系数只是一个值,环境的成分,客体分子的成分,外场的成分都包含在这个值里面,结合理论分析就行了,不用先用理论的条条框框限制程序,程序又不管这些条条框框。

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萌新杨同学 + 2 谢谢!您的回答解决了我的疑惑

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一条君 发表于 Post on 2022-5-16 11:55:00
请问“msd图非常乱不好选区”里选区指什么呀,我看velc命令不包含-select命令呀,谢谢

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