您好，请问您最后怎么解决的呢？我试着用dos2unix转换，也试着把水的itp文件include进去也失败了。/期待

15589655705 发表于 2021-8-27 15:27
你好，又出现了新的问题，金原子是也是有的，请问为什么没有发现呢

和之前的错类似，请注意区分[ atoms ]字段和[ atomtypes ]字段

除了楼上的这种可能性，还有一种可能性是：在windowns下写的top文件，转移到了linux下再进行操作。
解决方法：安装dos2unix，然后使用命令dos2unix topol.top，将其转化一下。

楼主3万多行以后，才出现[ system ]。为何不将其新建一个itp文件，然后include进来呢？这样top就能简洁明了。

这个报错就是告诉你，你在[ molecules ]字段写了要有13915个叫SOL的分子，但是前面[ moleculetype ]字段根本就没有定义过一个name叫SOL的分子。检查你是不是忘了include水模型的itp了，或者水模型的itp被改不完整了。