计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 花色苷黄烊盐离子结构中C环氧原子非典型成键造成acpype. ...

花色苷黄烊盐离子结构中C环氧原子非典型成键造成acpype.py生成gro和itp文件失败求助

查看数: 4471 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

xizhefu

发布时间: 2021-8-30 22:46

正文摘要:

如图，用gview05画出上述结构后，用acpype.py生成gro、itp文件时出错，报告C环氧原子有古怪成键，但是众多文献中给出的就是该结构，请教众位老师这种情况该如何处理？该种花色苷的黄烊盐离子带有一个单位正电荷。

回复 Reply

xizhefu 发表于 Post on 2021-8-31 19:28:45

sobereva 发表于 2021-8-31 14:06
没有gview05，只有gview 5.0

带着-d选项让acpype输出哪个原子成键太特殊，适当修改结构成为所有原子成键 ...

感谢卢老师亲自解答，太感谢了

sobereva 发表于 Post on 2021-8-31 14:06:11

没有gview05，只有gview 5.0

带着-d选项让acpype输出哪个原子成键太特殊，适当修改结构成为所有原子成键方式都能认的结构，把拓扑文件产生出来，之后再手动编辑修改成实际体系的情况

后记：用sobtop产生这种体系的拓扑文件非常容易，完全没必要再用acpype了。见http://sobereva.com/soft/Sobtop

xizhefu 发表于 Post on 2021-8-31 08:10:08

喵星大佬发表于 2021-8-31 03:42
GAFF里面显然没有这种参数，这种O是MMFF94里的原子类型51，如果要用来跟生物分子一起模拟比较麻烦，常见力 ...

谢谢老师

xizhefu 发表于 Post on 2021-8-31 08:09:29

wzkchem5 发表于 2021-8-31 00:57
如果报错说成键方式奇怪，说明力场肯定不支持，需要自己拟合力场参数或者从文献里找这种体系的力场参数

谢谢老师！

喵星大佬 发表于 Post on 2021-8-31 03:42:13

GAFF里面显然没有这种参数，这种O是MMFF94里的原子类型51，如果要用来跟生物分子一起模拟比较麻烦，常见力场里也就MMFF94有这个玩意的参数

wzkchem5 发表于 Post on 2021-8-31 00:57:37

如果报错说成键方式奇怪，说明力场肯定不支持，需要自己拟合力场参数或者从文献里找这种体系的力场参数

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register