求助模拟结束之后体系一部分在盒子外面了，以及体积和能量都出现异常峰值

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发布时间: 2021-9-4 22:29

老师您好，我将体系模拟结束之后，体系一部分在盒子外面了，这是什么情况？还有就是在0-300ps之间，体积和能量都出现异常峰值，麻烦老师帮我看一下哪里出现问题了？我将em、nvt、npt运行结束的数据分析结果附上。 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-9-5 01:00:18

gmx直接产生的gro文件默认是以保持分子完整的情况记录的，原子必然可能露在外面

没看见有什么异常峰值，明明随着模拟进行到后期各个量都有收敛趋势，继续跑就完了

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