计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

WSL ubuntu下用orca做优化停滞不动

查看数: 5746 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2021-9-5 18:18

正文摘要:

各位大佬好。 我用Gaussian在B3LYP/3-21G下做了一个高分子的结构优化(用3-21G实在是因为体系太大,在博文http://sobereva.com/336指导下,选择3-21g实在无奈之举),优化过程无异常。 本人好奇用WSL 的orca效率会 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2021-9-10 02:19:01
liangsirskku 发表于 2021-9-9 08:43
是的,sob老师提醒得是。 其实我也试过用在WSL UBUNTU ORCA上用B97-3c,但是问题一直都是运行了一天 ...

windows下就直接用windows版。如果非要在windows下用Linux版ORCA,尝试vmware虚拟机,但速度可能没有直接跑windows版快
冰释之川 发表于 Post on 2021-9-9 09:32:10
WSL里调试程序和跑小型测试任务可以,但正式计算还是建议在纯linux下跑,毕竟WSL里有时候会莫名其妙地出现bug
liangsirskku 发表于 Post on 2021-9-9 08:43:51
sobereva 发表于 2021-9-6 16:30
要求不高的话,与其用垃圾的B3LYP/3-21G,还不如用xtb在GFN2-xTB级别下优化,甚至两、三千原子都没压力。几 ...

是的,sob老师提醒得是。 其实我也试过用在WSL UBUNTU ORCA上用B97-3c,但是问题一直都是运行了一天后就停滞 (试了不同的任务,只要耗时在一天以内都能够正常结束)。。。在楼上exity提醒下这两天我用ORCA Windows算了能正常运行,这是否可以认为WSL Ubuntu orca下运算超过一天停滞不是orca本身的问题,那么sob老师认为可能会是什么问题呢?感谢
liangsirskku 发表于 Post on 2021-9-9 08:35:08
exity 发表于 2021-9-6 07:39
ORCA有win版吧,效率很可以

是的。前两天用同样的输入文件在windows orca下跑了。算了两天没有报错。应该是WSL orca有什么问题
sobereva 发表于 Post on 2021-9-6 16:30:58
要求不高的话,与其用垃圾的B3LYP/3-21G,还不如用xtb在GFN2-xTB级别下优化,甚至两、三千原子都没压力。几百原子一会儿就优化完了
另外对于这种柔性大体系,弱相互作用通常对构象影响很明显,不带DFT-D3之类色散校正完全不可接受。
在ORCA里用B3LYP/3-21G绝对不是好主意。你应当用B97-3c或者更贵但也更好一些的r2SCAN-3c来优化这个,这是最佳选择。

liangsirskku 发表于 Post on 2021-9-6 08:06:55
wzkchem5 发表于 2021-9-5 22:43
从最后一步的结构往下续算试试?看是不是也是过了一天卡住?

是的,我这几天尝试了不同的核数设置。就是接着优化的最后一个结构再算。单说算倒是可以算,就是这也不是个办法。
exity 发表于 Post on 2021-9-6 07:39:11
ORCA有win版吧,效率很可以
wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-5 22:43:12
从最后一步的结构往下续算试试?看是不是也是过了一天卡住?
zjxitcc 发表于 Post on 2021-9-5 20:56:40
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-9-5 21:00 编辑

只含有机元素的高分子的话,比较建议采用线性标度方法做计算,此处即指分块方法,如多体展开,GEBF方法等,可以在DFT水平、常见基组(6-31G**,def2-SVP,cc-pVDZ甚至更大)下得到与传统DFT几乎一样的结果。GEBF程序(https://itcc.nju.edu.cn/lsqc/)免费的,其实它是调用Gaussian算子体系。如果使用程序碰到问题,直接向开发者发邮件问即可。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 03:31 , Processed in 0.170950 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list