Alan123 发表于 2021-9-7 10:01
老师，我在能量最小化的过程中，部分分子跑出了盒子，请问这个会是导致下一步的模拟无法进行的原因吗？模 ...

跟这个没关系
mdrun产生的gro文件会默认保留分子的完整性，自然可能有原子露在外面。搞懂什么叫PBC

sobereva 发表于 2021-9-7 01:03
诸如缺少一些重要的成键项，某些参数搞错了或者不合理，拓扑文件里的原子顺序和结构文件里不符，等等

老师，我在能量最小化的过程中，部分分子跑出了盒子，请问这个会是导致下一步的模拟无法进行的原因吗？模拟条件是周期性体系，那么分子跑出盒子是不是对下一步的模拟是没有影响的呢？

Alan123 发表于 2021-9-6 23:20
老师，我不太理解什么是拓扑文件里的信息不合理，是我的.top写的不合理吗？但是如果分子数量少的时候，是 ...

诸如缺少一些重要的成键项，某些参数搞错了或者不合理，拓扑文件里的原子顺序和结构文件里不符，等等

sobereva 发表于 2021-9-6 16:23
要么初始结构严重不合理（概率不大，毕竟packmol产生的结构不会有过近接触），要么拓扑文件里的信息不合 ...

老师，我不太理解什么是拓扑文件里的信息不合理，是我的.top写的不合理吗？但是如果分子数量少的时候，是可以模拟的呀。有哪些可能的不合理的拓扑信息，老师您能给我举个例子吗？我不太清楚应该改什么地方，谢谢老师了

Alan123 发表于 2021-9-6 10:53
谢谢您，那我应该如何判断体系的能量最小化是否完全了呢？对于我这个能量最小化的mdp文件，我可以怎么设 ...

要么初始结构严重不合理（概率不大，毕竟packmol产生的结构不会有过近接触），要么拓扑文件里的信息不合理（可能性最大，导致势函数完全错误）

对于此类情况，把被研究的体系、设置尽可能简化，反复检查拓扑文件，反复测试找原因

在当前文件夹内产生了很多pdb文件

出现这种情况，是因为能量最小化不充分，或者盒子不合理。