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gmx energy中pV项的能量是怎么计算得到的？

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fwan1006

发布时间: 2021-9-6 17:26

正文摘要:

老师们好！最近用gromacs计算体系的焓变，发现和NIST中数据库给的对不上，因此想要研究一下gromacs的计算细节，然后我用gmx energy读取了一次NPT模拟的结果：发现gmx energy读的数据都是这些性质列的时间 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-9-6 17:42:35

mdrun在运行中，会把每一步的数据都考虑得到edr文件里直接记录的平均值。而你手动根据xvg文件里的数据取平均，只是把edr里记录的那些帧的数据取平均，对于诸如压力、pV这种波动很大的量，结果会和gmx energy直接提取的平均值相差很大。你截图里已经体现出对xvg里的数据取平均的压力和gmx energy直接给的平均压力明显不符

fwan1006 发表于 Post on 2021-9-6 17:36:41

sobereva 发表于 2021-9-6 17:33
不要自己在标题里写【求助】标签，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你去掉了

好的，我会注意的。

sobereva 发表于 Post on 2021-9-6 17:33:59

不要自己在标题里写【求助】标签，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你去掉了

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