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求助：材料弯曲操作

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1971806673

发布时间: 2021-9-7 09:23

正文摘要:

老师您好，想向您请教一个弯曲的操作，我模拟的是一个块状PVDF（模型图片已上传），对于这样的一个块状体系，我想得到的弯曲效果我已经上传，这个三点式弯曲是用gromacs实现的。为了达到视频中展示的这种三点式弯 ...

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1971806673 发表于 Post on 2021-9-9 09:28:30

sobereva 发表于 2021-9-8 23:45
如果位置限制文件里的设置当前处于生效状态，而且限制的是所有原子，显然无论加多大的力都不可能弯曲

...

谢谢您老师，非常感谢您的帮助。

sobereva 发表于 Post on 2021-9-8 23:45:14

1971806673 发表于 2021-9-8 09:09
好的，谢谢老师，我设置wall是因为我用的周期性边界条件，pbc=xy，我如果不设置wall的话程序运行就会报错 ...

如果位置限制文件里的设置当前处于生效状态，而且限制的是所有原子，显然无论加多大的力都不可能弯曲

另外你的盒子看起来好像离体系上下两侧很近，你必须留出足够多的真空区才行。有足够真空区的时候根本没必要用wall

还有就是XY方向不应当freeze，要不然如果中间往下拉的时候不允许两侧的原子往中间缩，加极大的力都不太可能令其弯折

1971806673 发表于 Post on 2021-9-8 09:09:42

sobereva 发表于 2021-9-8 03:40
加速度太小

我搞不懂你设wall是什么目的

好的，谢谢老师，我设置wall是因为我用的周期性边界条件，pbc=xy，我如果不设置wall的话程序运行就会报错，所以我就设置了。老师还有就是我在模拟弯曲的时候用了命令：gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr，也就是使用了posre.itp进行位置限制，这对弯曲有影响吗老师？麻烦老师了。

sobereva 发表于 Post on 2021-9-8 03:40:14

加速度太小

我搞不懂你设wall是什么目的

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