nusiew 发表于 2024-5-21 08:55 感谢，最后想在问问论坛里或者网上有RINGS这款软件的相关教程吗？从零碎的消息中看到似乎与社长开发的Multiwfn类似 |
759884279 发表于 2024-5-20 22:07 xyz轨迹文件的格式通常是通用的，而且比较简单 |
nusiew 发表于 2024-5-20 16:07 感谢你的回复，RINGS这款软件CP2K的输出轨迹文件.xyz也可以使用吗？之前用VASP的同学倒是提到过，没想到CP2K也可以，受教了  |
759884279 发表于 2024-5-13 08:36 给不同的阴-阳离子对设置不同的最近邻截断半径，使用ISAACS、RINGS等软件，或者自己写脚本即可计算出来 https://sourceforge.net/projects/isaacs/ https://sourceforge.net/projects/rings-code/ |
| 你好，想再咨询一下你是如何统计总步数中阳离子与阴离子不同配位数占比的呢？ |
nusiew 发表于 2024-4-23 21:52 感谢你的回复，之前因为等级不够一直无法回复。我也用VMD进行了分析，但我的是配比总是大于已有文献报道，不知道该如何是好  |
759884279 发表于 2024-4-23 09:15 cp2k分子动力学输出的是原子的真实轨迹，需要进行周期性变换，用VMD很容易就转换过来了 参考这个帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-24834-1-1.html |
| 你好，请问你的配位数相关问题解决了吗？我虽然是不同的熔盐体系，但也遇到了相关问题 |
nusiew 发表于 2021-9-9 10:42 1 对此体系考虑色散校正的必要性很低。而且当前遇到莫名其妙的问题，自然尽可能先把计算设置简化便于找原原因 2 NPT |
sobereva 发表于 2021-9-8 23:24 谢谢sob老师！还有一个些小疑问就是： 1. 我这个体系为啥没必要加范德华校正呢？是因为范德华校正对原子间作用力贡献太小了吗？ 2. 因为我最开始是参考1823K的熔体密度建立的随机均匀分布初始结构模型，考虑到不同温度下熔体密度的变化，如果我从更高温如3500K开始逐渐降温的话，那么更高温以及降温过程选用什么系综比较合适？是用NVT还是NPT呢？ 谢谢sob老师！ |
nusiew 发表于 2021-9-8 11:25 删掉 可以试试更高温度然后逐渐降温 |
本帖最后由 nusiew 于 2021-9-8 17:14 编辑 sobereva 发表于 2021-9-8 04:03 当前体系没必要加D3是不是意味着下面的范德华校正部分可以删掉？ &VDW_POTENTIAL POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL &PAIR_POTENTIAL R_CUTOFF 18 TYPE DFTD3 PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat REFERENCE_FUNCTIONAL PBE &END PAIR_POTENTIAL &END VDW_POTENTIAL 我用经典分子动力学跑出来的平衡结构作为初始结构来跑从头算，在2500K条件下很快就能收敛且结构基本没有太大变化。由于缺少某些元素力场，目前我是想直接用cp2k基于原子随机分布的初始结构中跑出合理的平衡结构，但一直跑不出来。由于目标温度在1823K，初始结构结构是混乱的，是不是应该先在高于1823K的温度下跑然后再逐步降温到1823K？ |
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如果右图的结构的坐标是已知的，以其为初始结构，在低温下跑跑MD看看结构是否能维持。如果能，再上高温。 当前体系没必要加D3。把这种多余的设置去掉。 体系达到平衡之前不建议用Nose-Hoover热浴。建议用CSVR |
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