求助em之后分子断裂的问题

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发布时间: 2021-9-9 23:03

本帖最后由 wILlD 于 2021-9-11 08:24 编辑通过网站生成了拓扑文件，进行能量最小化之后分子不成健了？请问是我的分子结构有问题嘛？还是其他原因呢？相关文件在附件

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wILlD 发表于 Post on 2021-9-12 08:56:50

sobereva 发表于 2021-9-12 05:23
你这个没有任何问题，只不过是分子跑到了盒子边缘，由于用PBC方式记录坐标，仿佛断裂了而已
你在VMD里把 ...

好的，谢谢老师的指点

sobereva 发表于 Post on 2021-9-12 05:23:09

wILlD 发表于 2021-9-11 08:32
老师您好。之前能量最小化的gro没有上传，现在更新了上传了一个。我是在acpype网站上生成的拓扑文件，选 ...

你这个没有任何问题，只不过是分子跑到了盒子边缘，由于用PBC方式记录坐标，仿佛断裂了而已
你在VMD里把周期镜像显示出来，可以看到分子还是完整的

wILlD 发表于 Post on 2021-9-11 08:32:28

sobereva 发表于 2021-9-11 06:03
我没时间细看。em之后化学键断裂一般都是拓扑文件内容或者参数有问题，要不然被bond项描述的键不可能断开
...

老师您好。之前能量最小化的gro没有上传，现在更新了上传了一个。我是在acpype网站上生成的拓扑文件，选择的GAFF,选择了PSQ_GMX.gro/itp/top这三个文件。这种情况能否说明拓扑文件没有问题，有问题的只可能是能量最小化mdp文件呢？

sobereva 发表于 Post on 2021-9-11 06:03:20

我没时间细看。em之后化学键断裂一般都是拓扑文件内容或者参数有问题，要不然被bond项描述的键不可能断开

如果你传的gro文件就是em后的，我这里没看到任何问题

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