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黏度模拟应该用NPT系综吗？

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Lacrimosa

发布时间: 2021-9-10 19:31

正文摘要:

最近一个多月也就一直在用NVT对己醇进行模拟。模拟流程大概是先用V-rescale和Berendsen控温控压跑50ns平衡模拟，然后用Nose-Hoover和Parrinello-Rahman控温控压跑10ns，最后进行10nsNVT， cos-acceleration=0.025计 ...

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Lacrimosa 发表于 Post on 2022-2-11 09:53:38

Lacrimosa 发表于 2021-9-13 12:05
好的，我试试纯水，目前的版本是GROMACS 2021.3，这个版本之前做了测试，在使用相同输入文件的时候可以得 ...

之前水的测试结果如下：
---------------|-----------------1/viscosity----------------
GMX version------------NPT------------NVT-------------
2018.8       |  1430.80±28.71 |  1443.18±41.35
2020.6       |  1422.58±31.49 |  1442.89±39.03
2021.3       |  1428.79±41.43 |  1448.45±41.68
——————
spc/e水模型, 884个水分子; T=298.15 K (Nose-Hoover); P=1.01325 bar (Parrinello-Rahman); cos-acceleration=0.05; 模拟时间2ns, 取后1ns统计1/viscosity; 重复10次模拟计算均值和标准差

Lacrimosa 发表于 Post on 2022-2-10 17:29:04

MSxinshou 发表于 2022-2-10 12:33
你好我是一个新手小白，我想问一下你在进行完模拟之后，计算黏度时的数据是在哪里得到的？

gmx energy提取出1/viscosity那一项去取倒数

MSxinshou 发表于 Post on 2022-2-10 12:33:58

你好我是一个新手小白，我想问一下你在进行完模拟之后，计算黏度时的数据是在哪里得到的？

Lacrimosa 发表于 Post on 2021-9-14 09:39:17

k64_cc 发表于 2021-9-13 14:44
不应当用NPT，还是得用Nose-Hoover跑NVT。

考虑拿Green-Kubo formula算一遍对比一下？

谢谢老师指点，我尝试一下

k64_cc 发表于 Post on 2021-9-13 14:44:44

不应当用NPT，还是得用Nose-Hoover跑NVT。

考虑拿Green-Kubo formula算一遍对比一下？

Lacrimosa 发表于 Post on 2021-9-13 12:05:21

sobereva 发表于 2021-9-12 23:33
建议看看模拟纯水有没有这个问题。理应不至于相差这么夸张
用的什么gmx版本？

好的，我试试纯水，目前的版本是GROMACS 2021.3，这个版本之前做了测试，在使用相同输入文件的时候可以得到和5.1.4版本下相同的结果。

sobereva 发表于 Post on 2021-9-12 23:33:11

Lacrimosa 发表于 2021-9-12 15:19
感谢老师的回复，我从一段10ns的NPT模拟轨迹中选取了10个结构并在NVT系综下模拟了黏度(结果如下图)。可 ...

建议看看模拟纯水有没有这个问题。理应不至于相差这么夸张
用的什么gmx版本？

sobereva 发表于 Post on 2021-9-11 06:02:32

如果NPT过程中盒子Z方向尺寸变化不大的话，理应不至于差异这么大

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