分子跑出盒子求助

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发布时间: 2021-9-13 14:33

用VMD看xtc和gro文件，分子跑出去了。用trjconv处理只得到了一帧的结构，不是整个模拟过程的结构，在VMD中无法拖动进度条，我想观察分子的聚集情况，而我的体系分子都在盒子边上，很多分子都跑到另一边了，很难观察 ...

回复 Reply

chemcomp 发表于 Post on 2021-9-14 19:06:19

是不是周期性边界条件没有弄对呢

李鱼儿 发表于 Post on 2021-9-14 18:07:52

sobereva 发表于 2021-9-14 02:53
“用trjconv处理只得到了一帧的结构”莫名其妙
说清楚你干嘛要处理、怎么处理的

不好意思已经解决了，我想观察蛋白质的聚集情况，之前输出trjconv的时候只选择了蛋白质，后来选择整个体系就可以拖动了，非常感谢您的回复

sobereva 发表于 Post on 2021-9-14 02:53:19

“用trjconv处理只得到了一帧的结构”莫名其妙
说清楚你干嘛要处理、怎么处理的

VMD没法拖动，说明你就只载入了一帧的结构

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