g_mmpbsa和gmx_MMPBSA得到的结果有出入

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发布时间: 2021-9-13 15:29

谢谢sob老师推荐gmx_MMPBSA,上篇帖子的报错解决了，我分别用两种方法算了结合自由能，g_mmpbsa和gmx_MMPBSA，得到的结果有出入，特来请教一下sob老师及各位老师同学这是g_mmpbsa算出来的结果，g_mmpbsa -f ../ ...

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lyjc19961209 发表于 Post on 2022-2-7 09:34:03

楼主，是否可以求一份pbsa.mdp文件内容

sobereva 发表于 Post on 2021-12-3 07:47:20

蓝沐轩_lemshine 发表于 2021-11-29 10:26
g_mmpbsa和gmx_MMPBSA均未考虑熵效应

溶剂的熵效应体现在溶剂模型的非极性部分里，对于PBSA来说在SA里

溶质间结合的熵效应在gmx_MMPBSA里也可以通过不同方式考虑，看gmx_mmpbsa在JCTC上的介绍文章

蓝沐轩_lemshine 发表于 Post on 2021-12-2 09:48:35

喵星大佬发表于 2021-11-30 10:39
熵效应不是在SA里面么？

为什么这么说呢

喵星大佬 发表于 Post on 2021-11-30 10:39:50

熵效应不是在SA里面么？

蓝沐轩_lemshine 发表于 Post on 2021-11-29 10:26:33

抠脚蔡鸡发表于 2021-11-20 19:05
请问楼主，这个gmx_MMPBSA算的结合能是否考虑熵呢

g_mmpbsa和gmx_MMPBSA均未考虑熵效应

抠脚蔡鸡 发表于 Post on 2021-11-20 19:05:39

请问楼主，这个gmx_MMPBSA算的结合能是否考虑熵呢

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