牧生 发表于 2021-10-7 12:51
已经试过了使用aIGM方法，就以教程中苯酚-水体系，只用了前10帧，大致看了下效果，那个等值面太厚了，像 ...

IGM就是如此，本来就是不如NCI。这是为什么我后来特意提出了IGMH解决这个问题，不过IGMH依赖于波函数，不支持轨迹平均

牧生 发表于 2021-10-3 14:53
我已经试过了，从大盒子里，取出一个小盒子，再进行NPT去调节密度的过程中，分子都会移动。即使冻结了需 ...

IGM一个缺点是等值面太厚，有时候影响考察
aIGM看Multiwfn手册3.23.9节。用法很简单，选主功能20的子功能12照提示操作即可

牧生 发表于 2021-9-15 09:46
那么，有没有办法，在只冻住SDBS的情况下，保存SDBS及附近水分子为xyz格式的时候，保持SDBS附近一直都有 ...

没有直接办法实现。
但可以自己写脚本，循环每一帧，每一帧都用within语句选择SDBS附近一定距离的水，导出成结构文件。但同样的within距离内每一帧的水的数目可能不同，而xyz文件要求必须每一帧原子数相同，因此对每一帧还需要做个循环，逐渐改变within的阈值，当选中的水分子数和第一帧时候选中的水分子数相同时结束循环。

你说的那个异想天开的做法可以。但是你没法恰好保证小盒子里的密度合适，所以取出这么一个子体系后，应当再做一下NPT，等盒子尺寸自发稳定之后再NVT

sobereva 发表于 2021-9-15 09:38
所以当前轨迹根本不能用

update selection every frame对于保存轨迹不生效

那么，有没有办法，在只冻住SDBS的情况下，保存SDBS及附近水分子为xyz格式的时候，保持SDBS附近一直都有水分子。

有个异想天开的办法，比如一个很大的盒子（原子数有数十万个），足够长时间的npt平衡以后，SDBS聚集形态已经稳定，只有水分子还在到处跑。。此时选择某个SDBS附近15A分子，另存为pdb格式的小盒子，冻结这个SDBS后，再对这个盒子进行nvt（原子数有几千个左右，虽然体系还是有点大，但是服务器也能算的动），结束后，对这个小盒子整体的轨迹进行分析。这样，就能实现考察动态过程中的表面活性剂-水间的相互作用。。

这个，从原则上讲，是否可行？？

牧生 发表于 2021-9-15 08:57
现在情况就是，播放aNCI.xyz轨迹，水分子就会跑散开。

我在另存xyz轨迹之前已经选中了update selectio ...

所以当前轨迹根本不能用

update selection every frame对于保存轨迹不生效

sobereva 发表于 2021-9-15 04:31
1 没有影响。实际上你可以把体系用多帧叠加方式显示，只要SDBS附近一圈都包满了水即可

2 播放一下aNCI.x ...

现在情况就是，播放aNCI.xyz轨迹，水分子就会跑散开。

我在另存xyz轨迹之前已经选中了update selection every frame，播放时，SDBS周围的水分子并没有明显跑散开。但是，另存为xyz以后，播放该xyz轨迹时，水分子就散开了。

1 没有影响。实际上你可以把体系用多帧叠加方式显示，只要SDBS附近一圈都包满了水即可

2 播放一下aNCI.xyz轨迹，看看一开始那些水是否后来已经分散开，不再紧密包裹SDBS，如果是这样，aNCI结果没法用。这种情况必须考虑所有的水，和下文的情况一样，这样在轨迹的xyz文件里SDBS附近第一配位层才始终有水
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

3 不用管这个

4 先把前面的2解决了