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求助：56核与52核的服务器同样编译出gromacs 2018.8性能天差地别的原因？

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Penson

发布时间: 2021-9-15 00:29

正文摘要:

先介绍一下两个服务器的CPU型号，56核的是Intel(R) Xeon(R) Platinum 8176F CPU @ 2.10GHz，52核的是Intel Xeon Platinum 8171M @ 2.60GHz；参考了sob老师的帖子GROMACS的安装方法（含全程视频演示） - 分子模拟 - ...

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喵星大佬 发表于 Post on 2021-9-16 05:33:14

Penson 发表于 2021-9-15 22:36
请问有办法可以查看当前目录哪些文件是具有root权限吗

ls -al

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Penson 发表于 Post on 2021-9-15 22:36:07

KiritsuguPapa 发表于 2021-9-15 16:18
当前目录下有一些root的文件删掉或着改一下所有者就行了

请问有办法可以查看当前目录哪些文件是具有root权限吗

KiritsuguPapa 发表于 Post on 2021-9-15 16:18:29

Penson 发表于 2021-9-15 12:56
谢谢社长。关于mdrun需要root权限的体现，就是如下截图1所示，我运行gmx mdrun -v -deffnm md -nt 48这条 ...

当前目录下有一些root的文件删掉或着改一下所有者就行了

abin 发表于 Post on 2021-9-15 14:19:04

找个IT技术;
或者花时间看相关手册.

推测, 可能部分读写路径设定错误.

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sobereva 发表于 Post on 2021-9-15 01:40:50

仔细检查编译过程。看看是否都用的是FFTW，看看利用的指令集是否相同（mdrun输出文件里可以看到很多细节）

“使用mdrun命令时，一律需要用到root权限才能运行” 得给出非root运行时的具体提示才好判断

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