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有什么好的办法模拟一个设计出来的分子的合成路径?

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发布时间: 2021-9-16 20:34

正文摘要:

请教各位老师,有什么好的办法模拟一个设计出来的分子的合成路径?查阅文献,发现Chem. Sci., 2020, 11, 7569的作者提出了一个quantum chemistry aided retrosynthetic analysis’ (QCaRA)方法。通过 GRRM 17 程序( ...

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alonewolfyang 发表于 Post on 2021-9-17 14:13:27
doublezhang 发表于 2021-9-17 11:31
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352079574
有很多免费的逆合成库
但是我还是建议你请师兄吃顿饭,让师兄给 ...

刚看了看,这个网站很给力,只是我还不怎么会用,谢谢啊
alonewolfyang 发表于 Post on 2021-9-17 13:49:51
doublezhang 发表于 2021-9-17 11:31
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352079574
有很多免费的逆合成库
但是我还是建议你请师兄吃顿饭,让师兄给 ...

谢谢
doublezhang 发表于 Post on 2021-9-17 11:31:02
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352079574
有很多免费的逆合成库
但是我还是建议你请师兄吃顿饭,让师兄给你画条路线
alonewolfyang 发表于 Post on 2021-9-17 09:58:25
sai77 发表于 2021-9-17 09:06
新版的scifinder不就有这个功能吗?
你画好目标分子结构,它可以根据它的数据库给你生成逆合成分析路线。
...

谢谢,我以前只用这数据库检索结构式和相应的文章,没使用其他功能,我去试试这功能
sai77 发表于 Post on 2021-9-17 09:06:36
新版的scifinder不就有这个功能吗?
你画好目标分子结构,它可以根据它的数据库给你生成逆合成分析路线。

202109170906251915..png (52.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

202109170906251915..png
alonewolfyang 发表于 Post on 2021-9-17 08:54:17
wzkchem5 发表于 2021-9-16 21:44
GRRM适合在给定体系的精确组成的情况下,暴力穷举得到这个体系里可能存在的所有反应。但是设计合成路径一般 ...

谢谢老师的解答和建议
alonewolfyang 发表于 Post on 2021-9-17 08:46:29
ABetaCarw 发表于 2021-9-16 20:57
反正不贵 买了玩玩呗

谢谢老师
wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-16 21:44:53
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-9-16 14:46 编辑

GRRM适合在给定体系的精确组成的情况下,暴力穷举得到这个体系里可能存在的所有反应。但是设计合成路径一般只知道主产物,不知道副产物和催化剂,此时GRRM不适合。
举个例子,你要合成异丙醇,GRRM可以告诉你可以用丙酮和氢气合成,但是活化能极其高,因为你的体系里没放催化剂,GRRM只能预测出非催化的反应途径,所以你拿到结果也不能用,因为在实验室可以达到的温度范围内根本反应不了。如果你知道催化剂是什么,那GRRM倒是可以搜出来催化氢化,但是你肯定得先知道你要做氢化反应才能知道放什么催化剂,可是如果你已经知道要做氢化了,那也不需要GRRM了。又或者比如说你打算用NaBH4还原,但是如果体系里没有Na和B,那GRRM是不可能预测出NaBH4的反应途径的,而如果你能想到放Na和B到反应体系里去,八成你已经想到NaBH4了,因此也就不需要GRRM了。
这种问题还是老老实实用scifinder或reaxys来搜比较靠谱,但凡是有有机逆合成分析的功底,结合scifinder或reaxys这种数据库,都可以做出来。这不是量化计算适合做的事情

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ABetaCarw 发表于 Post on 2021-9-16 20:57:42
反正不贵 买了玩玩呗

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