1 没有特殊情况都不需要用。需要用的情况比如做生物分子在水中的正式动力学模拟之前，先带着生物分子的位置限制势跑一段时间让水弛豫，避免分布尚不合理的水弄坏生物分子结构。再比如研究个纳米管与小分子相互作用，想让纳米管结构保持固定不动，也可以用位置限制。

2 没有特殊情况一律用NPT。必须用NVT的情况都有确切理由，对于诸如有真空层的情况如果一开控压就把真空区弄没了，显然此时不能用NPT。你的体系显然也必须NVT，要不然控压到最后盒子就紧贴着你的体系了。