Frank 发表于 2022-7-25 11:11 1 不用 2 除非模拟温度很高，否则由于分子间相互作用，本身也不会蒸发到真空层去。如果真出现了跑到真空区的情况，也可以加外势挡住 |
sobereva 发表于 2022-7-22 20:06 谢谢社长，再请教您两个问题：(1) 如果是电解液盒子(没有电极)的XYZ PBC还需要设置真空层吗？(2) 界面体系Z方向加了真空层的话，怎么防止在AIMD模拟的时候电解液跑到真空层？ |
Frank 发表于 2022-7-22 15:01 CP2K用平面波作为辅助基组，哪怕Z方向是非周期性的，Z方向也必须留出一定真空区，否则没法正常求解 |
sobereva 发表于 2022-2-25 22:05 社长好，借楼请教个问题。关于真空层的设置有相关资料推荐吗？我现在做类似体系的AIMD，设置的是XY方向PBC，Z方向没有PBC也没加真空层，但是跑出来的电解液结构有点怪，电解液分子都推挤在一起，成键比较混乱，我想问下Z轴真空层不管Z方向有无PBC是不是一定要加的？多谢 |
本帖最后由 madhatter 于 2022-2-28 22:37 编辑 sobereva 发表于 2022-2-25 22:05 想问一下结合能计算的问题 目前两个结构，一个是[zncl3eg]-是a结构，一个是zncl2egurea是二结构，eg是乙二醇，urea是尿素 1我想说明尿素与锌结合能更高，是E总-Ezn-2Ecl-Eurea-Eeg和E总-Ezn-E3cl-Eeg相比较？还是a结构解离一个cl和b结构解离一个尿素的能量相比，有点懵。 2我通过aimd算出来的rdf显示尿素要比氯离锌离子更近，是不是可以说尿素的结合能更高 3.最近研究想验证一个想法，多种原子的氢键作用是否可以固定氯原子，例如经常电化学反应过程中，氯离子在金属表面吸附，我想讨论讨论不同组分与氯离子产生多种氢键，使它固定在溶液‘’笼子‘’中，吸附在金属表面数量变少。初步想法是用orca跑电场下的aimd，不同电场大小下，氯离子氢键的断裂，去比较断裂发生的电场大小？或者计算不同构形和氯离子的氢键作用大小？不知道有别的类似的研究吗？ 4 因为电化学过程出现了双电层超吸附现象，电化学还原过程出现成核过电位，即抑制了还原，所以我通过对基体和基体加吸附体系中各种分子氯离子等的计算，去比较他们之间的禁带宽度，讨论导电性，如果导电性变差是否可以证明这种抑制作用，还是有其他的方法去讨论。 打扰sob老师了 |
sobereva 发表于 2022-2-25 22:05 谢谢sob老师，最近感觉aimd还是很有用的，就是比较吃资源，我打算经典和aimd都试一下。 |
madhatter 发表于 2022-2-25 21:59 2 “另一个”语义不明 3 Z方向没必要考虑PBC，这样真空层还能减小不少来节约时间。其它地方没什么油水，虽然用GFN-xTB便宜得多但精度和合理性上有风险 4 看有无类似问题的研究文章，如果有用经典力场跑的，也可以用GROMACS效仿着跑。各种离子和分子的拓扑信息都得有才能跑。用单原子离子有现成的，或者基于文献里的参数可以轻易手写，分子或多原子离子的可以用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件。 北京科音分子动力学与GROMACS培训班对动力学模拟的原理和GROMACS有十分系统的讲解，对各类体系给了海量例子，也有金属的模拟部分：http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html，学过后自然就能搞懂怎么实现模拟 |
madhatter 发表于 2022-2-12 23:23 1 VMD自带的rdf插件里直接就能设考虑的帧号范围 2 语义不明。是否当周期性考虑看你是否恰当设置了盒子，以及输入文件里怎么设的关键词 把问题充分描述清楚，“溶剂连续”是什么鬼，如果是连续溶剂模型（隐式溶剂模型），干嘛要开它？加电场要做甚？ 3 没事甭鼓捣非主流的东西，比起直接跑BOMD又没什么非常显著的好处 |
本帖最后由 madhatter 于 2022-2-12 23:27 编辑 sobereva 发表于 2022-2-10 10:11 谢谢sob老师，1.vmd做rdf的原子选择如何弄， 我用的type zn name O and index xxx to xxx(xyz格式取最后一帧的尿素编号)，这样算下来应该是一帧里锌和尿素里氧的rdf还是统计了所有帧的锌与尿素中的氧，我想得到的是5000帧里锌与尿素中的氧的rdf平均(体系中还有别的分子含有氧)。 2.其次目前建模了固液界面，建立cp2k的输入文件，显示的这个模型是xyz周期性吗？不太理解这种固液界面建模原理。我用ms的bulid layer建的模，先固定了固体金属，然后优化(对于离子液体这种溶剂，需要用溶剂连续那个选项吗？)，优化后加了电场去跑md，结果是基本不收敛，每一步都是达到200上限，想问一下如何解决。 3.最近在看二代cpmd，想问一下关键词输入是Multiwfn中控温选项里的LANGEVIN吗？还是有别的关键词使用二代的cpmd，这种方法可以用在过渡金属上吗，例如锌晶面的电解液动力学。 打扰sob老师了 &MD ENSEMBLE LANGEVIN &LANGEVIN GAMMA 0.001 # gamma L NOISY_GAMMA 1E-4 #gamma D &END LANGEVIN |
madhatter 发表于 2022-2-9 19:01 Extensions - Analysis - Radial pair distribution function直接就能用来对轨迹计算rdf 没什么问题 建模没什么费劲的。金属界面弄好了，用packmol之类插入液体分子到它上面，然后再做控压MD消掉真空区就完了。 |
madhatter 发表于 2022-1-24 23:04 1 肯定得换DFT继续跑，否则缺乏说服力。就算真的只用GFN-xTB来跑，也得从优化的单体结构、配体解离能等角度证明GFN-xTB和DFT（或其它靠谱的方法）算出来的结果相近。 2 DFT跑完了再说 3 看你想比较什么。比较结构、结合能，就把Cl放氢对面然后优化结构、计算结合能之类的 可视化作用区域可以用Multiwfn做IRI或IGMH分析。 4 CP2K跑DFT做AIMD研究这个没问题。 |
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