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VESTA可视化怎样给体系外部加边框盒子

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发布时间: 2021-9-22 10:22

正文摘要:

请问大家,vesta能否像ovito那样给体系外部加盒子吗?我用ovito打开一帧xyz文件,可以在外部加一个黑色方框,如下,请问vesta可以吗?如果可以,请问该怎样操作?

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WEILANDREW 发表于 Post on 2021-9-25 12:36:30
本帖最后由 WEILANDREW 于 2021-9-25 15:15 编辑

1. 将xyz文件导入ovito或vesta,以笛卡尔坐标格式导出POSCAR文件,然后更改表头ABC晶胞参数
2. 将xyz文件导入到VMD中,由于xyz文件中没有晶胞边长信息,在VMD命令行窗口中输入 pbc set {a  b  c  α  β γ},和 pbc box -style lines即可,边长粗细和颜色自行调整
sobereva 发表于 Post on 2021-9-23 06:46:39
可以用Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)载入xyz文件,用主功能100的子功能2转成pdb格式,自己在开头添加CRYST1字段把晶胞信息手写进去,再载入VESTA

CRYST1字段示例

  1. CRYST1    3.567    3.567    3.567  90.00  90.00  90.00
复制代码


吴双 发表于 Post on 2021-9-22 21:29:27
可以用VESTA将文件转化成Cif,cmf格式然后用MS打开,点击Build Symmetry Supercell然后设置ABC晶胞参数就好
卡开发发 发表于 Post on 2021-9-22 16:33:39
我了解的方案有三:
1、将xyz用ase读为ase.Atoms的类,然后给Atoms设置cell,然后在写入到cif。
2、将xyz用vesta读取,存成vesta,然后修改vesta文件来增加PBC。
3、ase转换为其他的如MS的car文件,然后手工修改car文件添加PBC,最后再转cif。
但不限于这三种做法。

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