HJC 发表于 2021-9-28 09:55
老师，请问如果探究“变温过程”(TA：热退火)的话：应该选择1还是2呢？
1.先进行相同条件下的MD获得稳定 ...

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sobereva 发表于 2021-9-24 11:45
1 怎么升温到340 K都可以，但是必须在340 K平衡一段时间，再做之后的升温

2 如果变温“过程”也是要专 ...

老师，请问如果探究“变温过程”(TA：热退火)的话：应该选择1还是2呢？
1.先进行相同条件下的MD获得稳定构型，再基于该成品模拟的结果进行热退火的研究(EM-MD-TA)
2.在一套MD过程中进行变温过程（EM-TA-MD）
即：TA和MD的顺序如何选择？谢谢老师！！

HJC 发表于 2021-9-24 11:02
谢谢老师：
1.如图所示，像前面这样直接升温到340k是不是不可取？这样的温度变化曲线怎么拟合呈直线呢？ ...

1 怎么升温到340 K都可以，但是必须在340 K平衡一段时间，再做之后的升温

2 如果变温“过程”也是要专门考虑、讨论的，如果没有特殊理由的话变温速率最好相同

3 是

1 先得让体系平衡到340K，然后再升温。是否从0K开始升温到340K无所谓。
看温度变化曲线（可以拟合成直线），取大约370K时候的那一帧

2 看你实际目的，如果每个温度都要保持一段，就是你说的

3 恰当设置nstxout或nstxout-compressed，其数值乘上步长就是保存轨迹的时间间隔