zjxitcc 发表于 2021-9-24 10:44 感谢您的建议  |
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本帖最后由 zjxitcc 于 2021-9-24 10:51 编辑 常见有机大分子体系的计算，适合用线性标度方法，可以全DFT水平下做计算，无需借助QM/MM或ONIOM。例如LSQC程序（https://itcc.nju.edu.cn/lsqc，申请，可免费获取）里的GEBF模块，也有相应的文章发表《Terahertz spectra of DNA nucleobase crystals: A joint experimental and computational study》DOI: 10.1016/j.saa.2017.02.037 不过如果是分子晶体的话，带有周期性的PBC-GEBF没有开放获取，官网上只有无周期性的GEBF。。。想用PBC-GEBF算太赫兹的话可以试试找上文的一作合作  |
sobereva 发表于 2021-9-24 09:56 好的老师，我试试 |
wangy0822 发表于 2021-9-24 09:44 外层用3-21G的话大抵算得动，算不动或者表现不好再考虑别的做法 |
本帖最后由 wangy0822 于 2021-9-24 09:48 编辑 sobereva 发表于 2021-9-24 09:20 感谢Sob老师的解答 老师，我现在把体系的原子数删减了一部分，目前400个原子左右（内层3个，外层15个左右），DFT可以吗？如果可以的话我内层用6-311G（d,p），外层用6-31G（d），还是3-21G。外层基组的精度应该没那么严格吧，只是让它充当一下环境分子 如果DFT不可以的话，我外层原子要用半经验方法，内层原子用DFT，混合基组的关键词怎么去写？或者外层用MM，混合基组的关键词怎么写？或者我不用混合基组，直接用ONIOM 因为我之前内外层都是B3LYP-D3，所以直接B3LYP/gen em=gd3bj，然后输入文件末尾指定基组就行了 |
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DFT做振动一般也就算得动几百个原子，你这都792个原子了，一般计算条件做振动分析没戏。半经验层面的方法还可以考虑，或者ONIOM(QM:MM)或QM/MM。 振动分析耗时远远高于优化每一步，而且体系大的时候对内存、硬盘消耗量也都非常大。 如果仅仅只用四个分子的簇模型而不考虑环境分子，若发现结果能和你实验谱对上，那也不是不能接受，看审稿人了。 |
本帖最后由 wangy0822 于 2021-9-24 08:49 编辑 wzkchem5 发表于 2021-9-23 22:10 感谢您的解答，我想问一下外层分子用MM或者半经验方法，内层用DFT，混合基组关键词怎么去写。 |
| 建议外层分子用MM或半经验描述，这个大小的体系，DFT即使把基组降得再低也很难跑动 |
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