关于MMPBSA的PB项数值疑问

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发布时间: 2021-9-27 10:34

首先我使用GROMACS的gmx-mmpbsa的脚本算了蛋白与两个分子的结合自由能，数值如下，上面的分子中的氢原子被甲基取代，下面的分子就是正常的没有取代氢；我查到的是甲基具有疏水性，但是又是有极性的，那么PB项应该 ...

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violet 发表于 Post on 2021-9-27 12:15:41

sobereva 发表于 2021-9-27 11:22
信息不充分，小分子和蛋白质的复合物图应当给出来

甲基的极性非常低，带着甲基时非极性部分对结合可能会 ...

最后的问题打错了，我想问的是“最后的甲基的分子的PB项值应该更小。。。。。？”
还有分子结合图是蛋白与发生甲基化的腺苷酸（RNA的A）和未甲基化的RNA ，因为文章还没。。，所以就先不放图了，很感谢卢老师的回复

sobereva 发表于 Post on 2021-9-27 11:22:12

信息不充分，小分子和蛋白质的复合物图应当给出来

甲基的极性非常低，带着甲基时非极性部分对结合可能会有比原先更多贡献（贡献的结合自由能更负），SA项的变化已体现了这点
你当前用的MMPBSA根本不牵扯GB

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