筛石灰 发表于 2023-6-18 16:27 你好，请问你用lammps用的这个OPC模型吗？结果怎么样 |
sobereva 发表于 2023-6-19 11:11 谢谢老师 |
筛石灰 发表于 2023-6-18 16:27 我不用lammps 大抵可以，搜文献便知 |
sobereva 发表于 2022-4-1 00:57 请问老师，在lammps中可以使用OPC模型吗，另外想请问换不同模型是不是改一下ε、σ、键角、键长、k、电荷等参数就行了 |
|
本帖最后由 牧生 于 2024-3-14 16:43 编辑 J. Chem. Phys. 157, 014504 (2022); https://doi.org/10.1063/5.0093659 10.1021/acsomega.3c05673 果然有人考虑用opc去跑水合物了。 |
| 无机二维材料跑水的接触角看过的绝大多数是SPC/E和TIP4P/2005的，近几年通过模拟研究石墨烯润湿性的文章我看过的也是这样 |
| 然而后续的很多模型集成做的太差了，本身就用起来不方便，复杂模型的计算代价又是一个问题，要我看来计算代价一致不如用深度学习势的水模型更可靠 |
| https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/ gmx格式的opc力场文件可以在这里下载 |
| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 4 | 好物！ |
sobereva 发表于 2022-4-1 00:57 好的，谢谢老师 |
不想读啦 发表于 2022-3-31 11:02 spc216.gro适合所有三点水模型 |
不想读啦 发表于 2022-3-31 11:02 三点水模型用的gro文件一般都是spc216.gro，不同水模型的力场参数不一样，但是水分子的坐标一般是一样的。gromacs自带的水的gro只有3个，分别对应3点水4点水和5点水。 |
本帖最后由 不想读啦 于 2022-3-31 13:44 编辑 sobereva 发表于 2021-9-28 22:07 老师，请问，如果我想模拟核酸体系，一般使用三点水中的TIP3P模型，现在因为不知名原因实验室电脑上这个模型被删了，那我使用spc216.gro这样可行性高吗 |
| 他竟然没比AMOEBA |
西起的sun 发表于 2021-9-29 18:06 我不用M$不清楚 由于水的刚性很强，柔性的SPC/E和原本的刚性模型应该不会在模拟结果上有什么显著差别 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-14 08:45 , Processed in 0.198798 second(s), 32 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites