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对NPT系综下integrator= md / md-vv的疑问

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冬至112

发布时间: 2021-9-28 19:09

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本帖最后由冬至112 于 2021-9-28 19:12 编辑 gromacs manual中提到：“ For pressure control simulations where the fine details ofthe thermodynamics are important, only velocity Verlet allows the true ...

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冬至112 发表于 Post on 2021-9-29 14:03:16

sobereva 发表于 2021-9-29 12:05
pcoupl设了压浴的时候当然是控压的MD
做MD的时候pcoupl ≠ no相当于固定了盒子尺寸，不用控压，显然不是 ...

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-9-29 12:05:11

冬至112 发表于 2021-9-29 11:15
感谢老师回复，
是说有pcoupl时，也未必是pressure controlled simulation吗？
或者说，同时有 ‘pcou ...

pcoupl设了压浴的时候当然是控压的MD
做MD的时候pcoupl ≠ no相当于固定了盒子尺寸，不用控压，显然不是NPT
integrator = md-vv不是主流做法，而且功能上有限制，没有特殊情况没必要用

冬至112 发表于 Post on 2021-9-29 11:15:50

本帖最后由冬至112 于 2021-9-29 11:38 编辑

sobereva 发表于 2021-9-29 10:58
‘pcoupl’ 时，integrator 不该为 ‘md’ 根本没这回事

感谢老师回复，
是说有pcoupl时，也未必是pressure controlled simulation吗？
或者说，同时有 ‘pcoupl ≠ no ’ 和 ‘integrator = md’, 表示一个不严格的npt系综，但也是个合理的模拟体系？只有很强调恒压时，才需要注意 ‘pcoupl ≠ no’ 和 ‘integrator = md-vv’ 吗？

sobereva 发表于 Post on 2021-9-29 10:58:14

‘pcoupl’ 时，integrator 不该为 ‘md’ 根本没这回事

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