本帖最后由 snljty 于 2021-9-30 14:48 编辑 喵星大佬 发表于 2021-9-30 11:19 发现确实是两个任务都被从12核降低到6核然后塞到同一个CPU上了。把两个任务的-pin on都改成-pin off后CPU和GPU占用率都正常了。不知道下一步我应该怎么考虑？ 更新：忘了还有-pinoffset这个选项，我试一下 |
本帖最后由 snljty 于 2021-9-30 14:48 编辑 lyj714 发表于 2021-9-30 12:02 是这样的，发现确实两个任务都被从12核降低到6核然后塞到同一块CPU了。刚新发现把-pin on改成-pin off后问题消失，CPU任务变成两个占用1200%的任务，总占用率50%（开了HT）。GPU双卡各自占用率都能达到58。但是现在没有了内核绑定，线程在虚拟核之间不停切换，不知道会不会造成明显性能影响。请问下一步我应该考虑换更新版本gmx么？2021是之前卢老师说感觉bug比2020还多，2020是我自己有心理阴影... 更新：忘了还有-pinoffset这个选项，我试一下 |
snljty 发表于 2021-9-30 11:57 哦，那估计你两个任务跑到一个cpu上去了。 |
本帖最后由 lyj714 于 2021-9-30 12:03 编辑 snljty 发表于 2021-9-30 11:58 2020系列我称它为bug系列，这个不必考虑，2021.3报道的bug比较少，可以测试。编译好像没啥复杂的，你这个gcc版本也不低，直接编译就好了。编译选项gpu只不过换成了-DGMX_GPU=CUDA罢了。 |
lyj714 发表于 2021-9-30 11:33 2021和2020给我整怕了...好像bug太多，编译还麻烦一点... |
本帖最后由 snljty 于 2021-9-30 12:02 编辑 lyj714 发表于 2021-9-30 11:33 我是双路，共24核48线程。-ntomp 12应该是各占12核吧。顺便我确实是用的convert-tpr修改nsteps转换的。谢谢您！ |
snljty 发表于 2021-9-30 11:08 gmx convert-tpr可以设置时间，extend和until选项 还有你说的那个显示的cpu占用率，你要搞清楚那个值是什么意思哦，我估计和超线程无关，你本身物理核心就只有12个，所以-ntomp指定的就是物理核心，所以才导致一个任务设置的12就能用12个，两个任务就算你分别设置了12，但是每一个任务还是只分到了6个，总共12物理核，这个也和你设置了-pin on有关。 至于gpu利用率，原因也可能很多，最主要的原因我觉得还是你用的gmx 2019，该版本没有对这一类gpu和cuda相关的源码进行优化，可能的话你安装最新2021.3版本再做测试对比 |
snljty 发表于 2021-9-30 11:08 htop看下每个进程用的cpu编号是不是同一颗上的 |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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| + 1 | 我很赞同 |
lyj714 发表于 2021-9-29 21:53 您好，这个benchMEM好像时间太短，GPU还没调到最优性能就跑完了。我把步数调大了20倍跑的，36核2699 v3的CPU节点跑下来是40 ns/day，4214R单CPU12核+一块3080 Ti是159 ns/day。GPU占用率在59%左右，CPU占用率1200%。双卡各用上面的设置跑相同任务时，每个任务的CPU占用率马上掉到600%，GPU占用率也掉到20%以下。 |
k64_cc 发表于 2021-9-30 08:42 那请问有什么推荐替换的CPU么？谢谢 |
snljty 发表于 2021-9-29 23:14 CPU缓存带宽。仅用12核带宽比24核全跑要大。 |
Entropy.S.I 发表于 2021-9-29 22:10 好的，我用大体系测试一下。 |
lyj714 发表于 2021-9-29 21:53 谢谢您，我明天去测。不过您看单CPU单卡跑效率还凑合，双CPU双卡分别跑两个任务效率就极低，这个现象怎么解释呢？谢谢 |
snljty 发表于 2021-9-29 21:05 刚没看到512乙醇分子…确实是原子数太少了。3080Ti怎么也得拿20w原子来测吧。我之前测试过2*RTX4000 & 2*5220R，20w原子能到50ns/d，3080Ti由于家境贫寒还没用上，估计能到100吧 |
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