chensir 发表于 2023-11-6 15:31 sobtop并不官方支持OPLS-AA，http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里说了原因 你若非要用sobtop这么搞基于OPLS-AA的拓扑文件，必须自己确保最终拓扑文件里的参数合理（单位没错、function type正确等），并且[defaults]字段内容合适 |
sobereva 发表于 2023-9-12 22:11 老师，请问给sobtop传递opls的力场参数，最后生成的力场是opls力场吗 |
一条君 发表于 2023-9-12 22:05 1 做结构优化，和DFT的进行对照就能大致判断。更严格的是对照振动频率 2 这和sobtop没直接关系，那是力场层面的事 |
sobereva 发表于 2022-2-2 04:01 老师，请问sobtop解决了您7楼说的问题了吗，【UFF本来就很糙，而B的成键方式又多，因此不可能对B在各种情况都有哪怕定性正确的描述。】， （1）不太确定对UFF理解是否正确，是各种情况都不能定性正确还是只是某些成键不能定性正确，有些成键能定性正确的意思呢 （2）现在是在sobtop下能定性正确的描述了吗，适合文章发表吗，谢谢老师 |
sobereva 发表于 2022-2-2 04:01 不好意思老师才看到消息 非常期待您的最新教程 我的研究十分需要 期待老师写完  |
| 这种体系现在用我最近开发的sobtop可以极度轻松地产生拓扑文件。目前sobtop还在测试和最终完善阶段，发表后会写个帖子介绍，着急的话可以把体系的mol2文件和Gaussian做freq任务产生的fchk文件（或ORCA做freq产生的hess文件）压缩后上传（超过5MB的话传网盘），我给你sobtop产生好的拓扑文件（但里面的原子电荷需要自行用Multiwfn算RESP电荷补充进去）。 |
喵星大佬 发表于 2021-10-10 06:05 感谢您的指导，我目的是产生这两个体系的力场信息，然后拿去gromacs做MD 模拟跑平衡, 主要就是找能生成他们力场信息，然后gromacs支持就可以 |
| 用GFN-FF就可以了，精度上远超UFF，而且使用方便，对于你这两个体系都有定义，不用纠结补参数啥的，就是慢得多，关键看你的目的是啥 |
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sobereva 发表于 2021-10-7 22:09 谢谢老师，我优化了UFF和DFT对比了一下结构大体差不多，谢谢老师 |
wzkchem5 发表于 2021-10-7 15:28 好的谢谢老师，明白啦 |
飒飒萨达 发表于 2021-10-7 09:13 你可以用Gaussian等程序先用UFF优化一下结构看看和DFT或实验的是否吻合，如果大体吻合，跑MD再试试；如果不吻合，MD也完全没戏 UFF本来就很糙，而B的成键方式又多，因此不可能对B在各种情况都有哪怕定性正确的描述。 |
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飒飒萨达 发表于 2021-10-7 02:13 UFF能跑，但是精度很差，除非没有其他选项否则不要用 |
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wzkchem5 发表于 2021-10-3 22:00 谢谢老师的指导，但我这方面了解太少了，我去查一下 |
sobereva 发表于 2021-10-2 21:58 好的老师，还想问一下可以用UFF力场吗？ |
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