ShTa 发表于 2021-10-8 20:04
我想表达的是该体系没有足够的空间插入上面的聚集多肽分子，我想替换五个游离的多肽分子，但是应该由于没 ...

用packmol直接建模
或者先用insert-molecules构建含有5个多肽分子的盒子，且盒子尺寸和原先密集体系大小相同。之后把这两个结构文件合并（多肽分子坐标粘到原先密集体系结构后面去），载入VMD并保存结构文件，保存时输入的选择语句借助not within x of... 扣除掉和多肽有重叠的密集体系里的分子

参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

说明“密集体系”具体是指什么

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.25.060269v2