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如何获取universal力场中铅离子的LJ参数（最好是利用obgmx自动获取）以供gromacs使用

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a9471163

发布时间: 2021-10-9 16:59

正文摘要:

本帖最后由 a9471163 于 2021-10-9 19:55 编辑各位老师，想请教一下如何获取universal力场中铅离子的参数，以供gromacs使用，我使用了obgmx工具，初始结构提供PbCl2（Cl与Pb有化学键），就能很快获得Pb的LJ参数 ...

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a9471163 发表于 Post on 2021-10-9 19:07:39

本帖最后由 a9471163 于 2021-10-9 19:55 编辑

sobereva 发表于 2021-10-9 17:53
你先看看UFF原文。本身UFF对每种元素就相当于只有一种类型，LJ参数只有一种

非常感谢老师，读了您的回复并参考UFF原文J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039，我理解到：
1、UFF力场并没有给铅离子提供参数，因此当把铅离子结构文件提交给obgmx时无法得到相关参数
2、不宜使用UFF力场模拟铅离子
3、应当查阅靠谱的文献，获得铅离子的LJ参数供gromacs使用
4、使用obgmx可以获得成键铅原子的LJ参数，但不能代替铅离子的LJ参数使用
如有理解偏差，还请您指导一下

sobereva 发表于 Post on 2021-10-9 17:53:01

你先看看UFF原文。本身UFF对每种元素就相当于只有一种类型，LJ参数只有一种

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