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高斯几何优化带羟基吲哚的分子和重金属Cr相互作用的体系发生震荡

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wudiazhu

发布时间: 2021-10-9 20:23

正文摘要:

本帖最后由 wudiazhu 于 2021-10-9 20:24 编辑各位老师好，我使用高斯优化一个带羟基吲哚环和重金属Cr(Ⅵ)相互作用的体系，Cr(Ⅵ)用HCrO4-带一个单位负电荷。使用的计算级别是M06-2X/6-311G**，Cr使用SDD赝势， ...

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wudiazhu 发表于 Post on 2021-10-10 19:50:47

wzkchem5 发表于 2021-10-10 17:20
看起来没有明显的不合理。如果怀疑HCrO4-可能放在其他地方更稳定，应该做构型搜索

好，谢谢老师。

wzkchem5 发表于 Post on 2021-10-10 17:20:14

wudiazhu 发表于 2021-10-10 09:20
好，谢谢老师回复，我仔细看看sob老师的博文。不知您是否有空看看我的输入构型是否摆放合理，是把HCrO4- ...

看起来没有明显的不合理。如果怀疑HCrO4-可能放在其他地方更稳定，应该做构型搜索

wudiazhu 发表于 Post on 2021-10-10 16:20:51

wzkchem5 发表于 2021-10-10 15:57
对，当且仅当出现optimization completed---stationary point found时，代表结构优化收敛。lowest energy ...

好，谢谢老师回复，我仔细看看sob老师的博文。不知您是否有空看看我的输入构型是否摆放合理，是把HCrO4-摆在了羟基附近，不知道苯环的pi作用是否需要考虑？

wzkchem5 发表于 Post on 2021-10-10 15:57:01

wudiazhu 发表于 2021-10-10 07:53
谢谢老师回答！
仔细看了几何优化的输出文件，您指的收敛的明确的英文是指四个收敛判据下面的“optimiza ...

对，当且仅当出现optimization completed---stationary point found时，代表结构优化收敛。lowest energy point so far不代表收敛。
大多数情况下内坐标优化更快，原因参见http://sobereva.com/164。不是你那么容易就能解释的，结构优化既可以看作是优化键长、键角、二面角，也可以看作是优化原子坐标，之所以用内坐标优化更快是有更深层次的原因的

wudiazhu 发表于 Post on 2021-10-10 14:53:54

fffff 发表于 2021-10-10 06:26
也可以试试IEFPCM
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子 ...

谢谢回复与分享！我即刻去尝试一下！谢谢。

fffff 发表于 Post on 2021-10-10 06:26:13

也可以试试IEFPCM
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

QQ截图20211010062501.png (229.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

wzkchem5 发表于 Post on 2021-10-9 21:40:09

结构必须收敛，没有虚频是结构可以用的必要条件而不是充分条件，必须同时满足梯度足够小、步长足够小、没有虚频这三个条件才可以。
如果三个yes一个no，建议检查一下输出文件有没有告诉你是不是收敛了，一定要仔细理解程序的输出，收不收敛都会用明确的英文告诉你，不要只去数yes和no的个数。有的时候那三个yes已经比收敛限低很多了，那一个no只比收敛限高一点，这样也算收敛，但不意味着三个yes一个no必然是收敛，一切以输出文件的文字输出为准。
不要用笛卡尔坐标优化，改用内坐标优化，如果还不收敛，看最后几帧结构看看是哪些原子动得最多，用modredundant在那里加上一些内坐标再试

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