sobereva 发表于 2021-10-22 02:58 老师您的意思是说，用-pbc nojump调整的轨迹，再用gmx trjconv提取之后的gro不是按照-pbc nojump合适-pbc mol调整的？ |
努力向上的boy 发表于 2021-10-21 16:54 VMD里把相邻镜像显示出来，一看便知 |
sobereva 发表于 2021-10-20 02:30 请问老师，这个该怎么判断呢？判断是否合理是否与镜像接触了？ |
努力向上的boy 发表于 2021-10-20 01:35 gro文件默认是按照-pbc mol方式记录的轨迹，只有当分子质心越过盒子时才会被整体挪到另一头 |
sobereva 发表于 2021-10-15 07:29 谢谢老师。 老师，我想请教一下个问题，在模拟的时候，盒子的物质，不是从一边跑出盒子就会从另外一边跑进来吗，从原始轨迹提取的结构中，几条链相邻，一点残基在盒子外面，但是为什么利用-pbc nojump处理轨迹后，会有几条链在盒子内且相邻，另外几条链分别在盒子相邻的不同的镜像盒子中，这是为什么呢 |
努力向上的boy 发表于 2021-10-14 19:29 可能只是相对于整体结构而言的很微小分散，导致回转半径数值上体现不出来明显差异 可以从X/Y/Z方向最大减最小坐标衡量一下跨距的变化 |
sobereva 发表于 2021-10-14 13:45 1、前边的聚合物轨迹总的来说还是保持相对规整，但是边端已经有明显的分散，层间或者链间还是相对紧密，请问老师还有别的方法辅助判断一下吗？ |
努力向上的boy 发表于 2021-10-14 11:56 1 结合动力学图像判断是否正常 2、3 a中任意一个原子都必须和镜像的a的任意一个原子距离间距超过截断半径 原则上a也不应当遇到其它的链的镜像，毕竟和实际情况不符。但如果a运动到接触其它的链的镜像之前，被考察的问题已经（如溶胀过程）已经足够充分体现了，就不用管之后的轨迹 |
sobereva 发表于 2021-10-14 00:52 1、看起来是一条水平的线，数值的话在不断的变化，开始大概是1.65，然后在左右徘徊，然后是1.64，然后在左右浮动，然后1.63，然后1.65，这样的，请问老师，这个正常吗？ 2、老师，针对个溶质，它不是有好几条链吗，比如有三条，每条链分别叫做a、b、c，在做模拟的时候溶质要和镜像的距离大于截断半径，是不是说a要a的镜像大于截断半径，并且是a中的相应原子之间的距离大于截断半径？ 3、如果a中的原子1与镜像中a上的2、3、4等原子的距离小于截断半径，或者a链与c链有些原子小于截断半径，这都是没问题的是吧？ |
努力向上的boy 发表于 2021-10-13 19:02 不可能是严格水平的 看看具体数值怎么变的 |
努力向上的boy 发表于 2021-10-13 02:07 当前情况不适合把所有聚合物整体当做一个组用mindist说事，对每一条聚合物链分别用mindist测量它与镜像最短距离才有意义 |
sobereva 发表于 2021-10-11 20:03 2、老师，如果不对轨迹进行处理，溶质有一部分在跑出盒子，然后跑出的那部分从另外一端进入到盒子，这样在利用gmx mindist -f *.xtc -s *.tpr -n *.ndx -pi计算溶质和镜像的最短距离的时候，距离就会显示的很小，这怎么办呢？ 3、我主要是观察溶质由紧密的结构到了松散分开的结构的程度 |
努力向上的boy 发表于 2021-10-11 11:04 1 最好用-nojump，保证聚合物分子运动的连续性，这种情况下跑出去完全不用管，是什么样就是什么样 2 不用 3 合理 可加可不加。如果你对绕着不同主轴的回转半径分量感兴趣，加了便于考察 |
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