关于大分子QM/MM方法的氢原子优化步骤的进行

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发布时间: 2021-10-10 15:04

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liuyuqi 发表于 Post on 2021-10-11 16:30:29

喵星大佬发表于 2021-10-11 06:20
mopac的话最好用pm6-d3h4，跑半经验也别用高斯，实在是太慢了

了解！

喵星大佬 发表于 Post on 2021-10-11 06:20:54

mopac的话最好用pm6-d3h4，跑半经验也别用高斯，实在是太慢了

liuyuqi 发表于 Post on 2021-10-10 20:24:26

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不 ...

MOPAC PM6优化成功了，超级感谢！

liuyuqi 发表于 Post on 2021-10-10 19:23:37

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不 ...

我刚刚发现，用mercury叠的团簇，保存成mol2文件再用gaussian打开，分子内环上的H数就从1个增加到两个了，原来是我选了加氢这个选项，打开文件就自动给我加氢了T T。。。我再试一次，太感谢您了！

liuyuqi 发表于 Post on 2021-10-10 18:48:43

本帖最后由 liuyuqi 于 2021-10-10 19:09 编辑

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不 ...

多谢！找到问题所在了！

wzkchem5 发表于 Post on 2021-10-10 16:03:56

先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不行，先用UFF优化，再用PM6

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