蛋白相互作用 PBSA和GBSA能量计算构象选择的问题

查看数: 6407 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2021-10-10 20:19

各位前辈大家好。请教大家做蛋白蛋白相互作用时。通过分子对接得到两个不同构象。在计算PBSA和GBSA之后得到了构象1的GB比构象2的GB高，构象1的PB比构象2的PB低的结果。有这样的交叉导致我不知道选哪一个模型了 ...

回复 Reply

xinggx 发表于 Post on 2021-10-11 09:03:22

sobereva 发表于 2021-10-11 04:27
GB的结果直接决定于具体用的求解有效Born半径的方法，没有计算细节问GB是否准确没有意义。
PB原理上是最严 ...

感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2021-10-11 04:27:50

GB的结果直接决定于具体用的求解有效Born半径的方法，没有计算细节问GB是否准确没有意义。
PB原理上是最严格的，搞GB模型的人也普遍以PB的结果作为标准来衡量GB的准确度，例如：

当然PB计算合理的前提是计算设定恰当。

至于MMGBSA有时算结合能的准确度和实验比比MMPBSA更好，很大程度上是因为和别的因素误差抵消。没有实验参照时，但凡MMPBSA能算得动的情况都应当用MMPBSA而非MMGBSA说事

参与人数 Participants 1	eV +4	收起理由 Reason
xinggx	+ 4	赞！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register