利用chenge_box命令改变盒子大小后出现bond atom missing问题

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发布时间: 2021-10-11 14:58

如题，将盒子尺寸向Z轴正方向增加20埃以后，就报错Bond atoms missing，使用的命令是：change_box all z delta 0 20 把修改盒子以后的snapshot放进ovito发现键延伸过长，怀疑这是由于原有的盒子是周期性边界条件， ...

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davi 发表于 Post on 2025-4-11 16:24:55

如何解决这个问题呢

一只小耗子 发表于 Post on 2024-11-7 17:08:22

xhp604109413 发表于 2021-11-27 19:24
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您好，遇到了同样的问题，请问问题解决了嘛

tktk67 发表于 Post on 2024-9-13 15:50:48

LGX 发表于 2022-3-18 20:37
这是周期性的原因，对于三维周期性的话，改变盒子的大小会破坏材料的本身结构

那请问如果是ppp周期性边界，想按系数扩大盒子该怎么办啊

LGX 发表于 Post on 2022-3-18 20:37:23

这是周期性的原因，对于三维周期性的话，改变盒子的大小会破坏材料的本身结构

xhp604109413 发表于 Post on 2021-11-27 19:24:48

你好楼主，我最近也遇到了这种情况，请问楼主解决了吗？
我的问题也出现在使用完change_box指令在z轴将盒子伸长20，ovito里面看到data文件也出现了和您一样的键拉长的现象，这个问题我也寻思了半个月了一直解决不了。

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