求助：VMD怎么改变原子的颜色

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xjw

发布时间: 2021-10-12 09:40

大家好，我用Moltemplate建立lammps的data文件，用VMD打开后在Graphics→Representations下修改颜色显示为mass其结果如下。这种颜色和我们平时看到的有很大差别（H是红的，C是白的），看着很不习惯。请问有谁知 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-10-22 03:04:15

xjw 发表于 2021-10-21 15:22
谢谢老师回复，在图一里面我标出了三个碳原子和一个氮原子，但是这个三个碳原子仅仅只有两个原子（C1和C2 ...

不要用bug巨多的1.9.4非正式版。用1.9.3还这样再说
并且记得正常情况下，按照name着色时VMD根据原子名首字母判断着色的颜色，基于这一点搞清楚是怎么回事

sobereva 发表于 Post on 2021-10-21 00:56:28

xjw 发表于 2021-10-20 17:13
老师，就想这个图片里面的，三个碳的颜色都不一样，有什么办法能让他们变成一样的嘛

本来默认显示方式下所有碳的颜色就是一样的

说清楚当前图里碳是哪几个，当前graphics - representation怎么设的

xjw 发表于 Post on 2021-10-20 16:28:33

sobereva 发表于 2021-10-13 02:46
你设的是用原子质量来着色，当然会这样。默认色彩刻度变化是红-白-蓝，自然质量最小的氢原子会是红色。

谢谢老师，这个不能修改嘛

sobereva 发表于 Post on 2021-10-13 02:46:17

你设的是用原子质量来着色，当然会这样。默认色彩刻度变化是红-白-蓝，自然质量最小的氢原子会是红色。

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