求助，关于自行添加小分子力场后报错问题

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发布时间: 2021-10-12 21:14

研究需要在gromacs里模拟对接核酸和小分子，所以在amber99sb-ildn.ff力场文件夹中添加了自己用acpype做的小分子力场.itp,并修改了residuetype.dat使得残基能被识别，原子数据也录入了aminoacids.rtp和ffnonbonded.it ...

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不知去向的小狼 发表于 Post on 2021-10-14 08:53:26

问题最终解决了，在arn文件里补充将O提前转化为OS，就不会变为OXT了

不知去向的小狼 发表于 Post on 2021-10-13 18:33:16

sobereva 发表于 2021-10-13 02:07
看看.tdb文件，弄清楚OXT是不是对末端残基自动加的原子

诡异的是，tdb文件n端和c端的内容都是empty，按理来说不应该自动补残基？

sobereva 发表于 Post on 2021-10-13 02:07:42

看看.tdb文件，弄清楚OXT是不是对末端残基自动加的原子

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