在本地运行RoseTTAFold和AlphaFold2

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发布时间: 2021-10-13 21:44

本帖最后由 wendao 于 2021-10-18 16:05 编辑本文介绍如何在本地GPU服务器上安装和使用RoseTTAFold和AlphaFold2。我们的显卡是RTX2080ti，小一些的蛋白跑起来无压力但四五百的就可能会挂，最好有V100，A100显 ...

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guoyh 发表于 Post on 2023-11-8 21:25:40

请问大佬，我自己的单人工作站是1T的固态，4080的显卡，这个配置够整一个rosettafold本地版吗，如果不行的话我需要加点什么呢？

wendao 发表于 Post on 2023-10-16 16:25:56

yph 发表于 2023-9-20 14:05
请问localcolabfold有数据库吗

params是需要的，序列数据库不需要

yph 发表于 Post on 2023-9-20 14:05:00

请问localcolabfold有数据库吗

wendao 发表于 Post on 2021-10-14 13:46:23

arix 发表于 2021-10-14 12:20
RoseTTAFold和AlphaFold2 做同一段序列，结果差异很大，谁更可信？

你可以检查模板和MSA质量，同时两个软件都会给出自己对质量的估计如plddt，它自己知道自己预测的好不好。
整体上AlphaFold2表现要好一截。

arix 发表于 Post on 2021-10-14 12:20:18

RoseTTAFold和AlphaFold2 做同一段序列，结果差异很大，谁更可信？

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