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amber中的groupfile具体是什么意思？

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尘劫

发布时间: 2021-10-15 21:16

正文摘要:

有人知道amber的groupfile什么意思吗？如下图，没怎么看懂，这里的意思是-ng等4的时候，就同时进行4个模拟？还有就是，这几个模拟是单独运行的吗？他们之前有没有相互联系调用什么的？

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chenbq18 发表于 Post on 2021-10-16 22:45:07

本帖最后由 chenbq18 于 2021-10-16 22:46 编辑

尘劫发表于 2021-10-16 09:20
谢谢社长，如果模拟之间相互没有联系的话，我可不可以把
>> mpirun -np 4 sander.MPI -ng 2 -gropufile ...

这个是在做副本交换的MD吧四个groupfile有联系的。建议看看tutorial

sobereva 发表于 Post on 2021-10-16 18:33:25

尘劫发表于 2021-10-16 09:20
谢谢社长，如果模拟之间相互没有联系的话，我可不可以把
>> mpirun -np 4 sander.MPI -ng 2 -gropufile ...

我没实际用过，应该是这个意思

尘劫 发表于 Post on 2021-10-16 09:20:53

sobereva 发表于 2021-10-16 03:06
是
看语境，跟任务有关

谢谢社长，如果模拟之间相互没有联系的话，我可不可以把
>> mpirun -np 4 sander.MPI -ng 2 -gropufile groupfile
groupfile:
-O -i mdin1 -c inpcrd1 -p prmtop1
-O -i mdin2 -c inpcrd2 -p prmtop2
理解为：
>> mpirun -np 2 sander.MPI -O -i mdin1 -c inpcrd1 -p prmtop1
>> mpirun -np 2 sander.MPI -O -i mdin2 -c inpcrd2 -p prmtop2

sobereva 发表于 Post on 2021-10-16 03:06:58

是
看语境，跟任务有关

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