nianbin 发表于 2023-12-14 08:52 支持虚拟筛选，直接用ZINC数据库即可 https://zinc.docking.org/ |
| 请问支持虚拟筛选吗？有小分子数据库吗？ |
BEICEHNG 发表于 2022-6-21 11:38 需要安装一下MolAICal，具体请见：https://molaical.github.io/install.html |
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本帖最后由 XYT42 于 2023-7-16 23:21 编辑 请问在windows系统下使用Cmder运行molaical.exe，为什么显示的是# Project leader: Qifeng Bai, the official site of MolAICal: https://molaical.github.io or https://molaical.gitee.io #（前提：已经在系统环境变量添加MolAICal的安装路径 D:\Linuxpackage\Docking\MolAICal-win64-v1.3） 该问题已解决：https://molaical.github.io/install.html |
本帖最后由 MolAICal 于 2022-7-2 16:39 编辑 BEICEHNG 发表于 2022-6-21 11:38 你把protein.pdb以附件的形式贴在回复贴里面。。我帮你看一下。或者加QQ群：1151656349 ，我在群里帮你看一下 |
| 你好，请问我这里怎么生成不了PDBQT文件呢？ |
protein.png (21.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)
Tonycjlu 发表于 2021-10-19 11:07 是的，不在依赖ADT,, 独立开发，有提升，后面会有大提升。 |
| 和ADT vina有显著性提高吗？我大致看了一下，这个过程和vina差不多。 |
MolAICal 发表于 2021-10-17 14:23 这个结果显示“1.pdb”有部分结构跟原始配体有叠合，而“3.pdb”与原始配体有相似的重叠部分。这个体系做过分子动力学模拟（见教程MM/GBSA：https://molaical.gitee.io/tutorial.html）。MM/GBSA教程的结果显示原始配体N3的Andricioaei熵值是-84.70646297459386 (kcal/mol)。这表明原始配体N3在SARS-CoV-2Mpro的口袋中是不稳定的。 |
本帖最后由 MolAICal 于 2021-10-17 17:24 编辑 exity 发表于 2021-10-17 15:13 还有1个解决方案，对于柔性特别大的分子，需要多次试验，找出最佳的解决参数，通过random seed来记录，我简单筛选了一个参数，你可以使用命令重复一下，num_modes设置成3个就行，命令如下：
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MolAICal 发表于 2021-10-17 14:23 是的，也不排除有其他晶体级别的解。 |
本帖最后由 MolAICal 于 2021-10-17 14:25 编辑 exity 发表于 2021-10-17 12:58 这个分子柔性太大了，确实很难做，vina作出的结果也是这样的，你查看一下附件，这个只提升了点效果，目前还在抓紧时间提升。。。 |
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本帖最后由 exity 于 2021-10-17 13:34 编辑 MolAICal 发表于 2021-10-17 12:06 你好，这是最新的输入文件集合和对接结果。额外使用了num_modes = 30，exhaustiveness = 20参数，但结果和晶体文件里的ligand的吻合情况不好（RMSD很大）。 很久没有用过vina或smina了，如果我没有记错，这种简单的对接，他们很大概率是能收敛到和晶体文件配体几乎一致的结果上去的。 请问还有其他tuning方法吗？ 刚刚用smina跑了一下，对接结果和晶体结果吻合的也不是很好。 
test.zip
(113.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
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MolAICal 发表于 2021-10-17 12:06 又跑了一次就成功了，貌似是第一次用chimeraX拆的ligand和protein，然后用chimera打开的时候坐标变了，导致对接质量很差。谢谢了。 |
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