基于分子力场的能量分解运行出错

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发布时间: 2021-10-17 15:24

首先我是用CHARMM36力场跑的蛋白-RNA的复合物，我想将轨迹中的某一帧代表性构象拿出来，分析其中一个核苷酸和蛋白的三个氨基酸之间的能量分解。于是我拿出这一帧PDB，并且只选取这三个氨基酸和一个核苷酸，电荷文件 ...

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violet 发表于 Post on 2021-10-18 10:01:08

sobereva 发表于 2021-10-17 17:59
你当前选的力场是AMBER99&GAFF，这俩力场里都没有叫HN的原子类型，当然程序不认，这是非常显然的逻辑，屏幕 ...

嗯呢，谢谢卢老师，后来选择了UFF力场，就可以正确运行了~

sobereva 发表于 Post on 2021-10-17 17:59:51

你当前选的力场是AMBER99&GAFF，这俩力场里都没有叫HN的原子类型，当然程序不认，这是非常显然的逻辑，屏幕上提示得非常明白。
Multiwfn的这个功能不支持CHARMM力场。

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