greatzdk 发表于 2016-1-20 12:14
也并不是所有的氧原子都这样吧。我看有小角的都是羧基的氧, 小角是两个氢原子吧？我也不十分确定。
你这随 ...

谢谢您的回复！
我这图是对接之后的截图！
对的，在配体的一定范围了，基本是羧基的氧原子有两个小角。小角可能不是氢原子，因为我在删除体系中所有氢时，那小角还是存在的。
我的受体蛋白就是用Gold简单处理的，包括加氢，除去水分子。配体我是用LigPrep处理的，也是保存为mol2格式。打算随便找个体系对接下，看还会出现这样的情况不！
Gold版本是V5.2.2

也并不是所有的氧原子都这样吧。我看有小角的都是羧基的氧, 小角是两个氢原子吧？我也不十分确定。
你这随意的图是截取的对接之前的，还是对接之后的呢？
你这样，你先给蛋白和配体都加上氢原子，配体处理一下，指定一下bond type，存为mol2格式。然后对接看看。
还有你这gold是什么版本？

@fatcharm  版主帮我看看呗！

sobereva 发表于 2016-1-19 01:02
你的图看不太清楚。
如果是实际中本不应该有那个弯曲，要么是二面角势函数有问题（我没用过gold不清楚具体 ...

不好意识，图是我随便截的，有一个硫原子的绿色分子是配体，下面的那个分子是辅因子。从图片中可以看出，有的红色的氧原子有两个小弯曲，好像是连接了两个氢原子一样。

你的图看不太清楚。
如果是实际中本不应该有那个弯曲，要么是二面角势函数有问题（我没用过gold不清楚具体情况），要么是受到周围环境影响被极化。

@sobereva Sob老师被这个问题困扰好久了，希望您能解答下，谢谢！