sobereva 发表于 2021-10-21 00:26
1 如果你想让gromacs做em之后看起来和之前大致一样，初始坐标就不要有负数的。本来gromacs的习俗就是从0,0, ...

收到，谢谢社长！

naoki 发表于 2021-10-20 19:01
你这是周期性边界条件，其实他们并没有散开，你可以vmd里多显示几个周期看看就知道了。可视化结果如此估计 ...

太感谢您了！

1 如果你想让gromacs做em之后看起来和之前大致一样，初始坐标就不要有负数的。本来gromacs的习俗就是从0,0,0作为起点，有负值的会被自动根据盒子平移

2 可以

你这是周期性边界条件，其实他们并没有散开，你可以vmd里多显示几个周期看看就知道了。可视化结果如此估计是因为你packmol建模的时候刻意让这个盒子关于坐标轴对称，比如给定了负的xyz坐标。虽然em如此，但之后跑md也不影响，就是显示上的问题。