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水分子分子模拟时用VMD查看轨迹时，水分子显示问题

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orangeUSTC

发布时间: 2021-10-21 00:21

正文摘要:

本帖最后由 orangeUSTC 于 2021-10-21 00:20 编辑老师，您好！我用神经网络训练得到了一个可以模拟很多水分子的力场模型，目前模拟的是20个水分子，模拟步长是0.5fs，10fs保存一次轨迹，附件是截取的一部分轨迹 ...

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orangeUSTC 发表于 Post on 2021-10-24 11:04:54

sobereva 发表于 2021-10-21 00:40
先搞清楚判断连接关系的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（ht ...

好的谢谢老师，那我再看看~

sobereva 发表于 Post on 2021-10-21 00:40:46

先搞清楚判断连接关系的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

把连接关系显示合适了，根据氧和氢的位置、键长、键角，凭借基本化学常识理解到底轨迹有没有问题

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