一条君 发表于 2023-12-24 01:52
老师，对于第2点
为了简化体系，把聚合物限制在200个原子以内，通过优化整条链得到resp电荷 和您说的【 ...

最好用模型体系来产生每个重复单元的信息
直接用整条链的话，结果会明显受构象影响

sobereva 发表于 2021-10-22 06:35
1 用半经验或GFN-xTB优化没多贵。由于目的只是之后跑动力学，并没必要得到准确的单分子结构，用分子力场凑 ...

老师，对于第2点
为了简化体系，把聚合物限制在200个原子以内，通过优化整条链得到resp电荷 和您说的【最好是对边缘封端的一个聚合单元来算RESP电荷，通过单体的原子电荷 拼接得到整体的原子电荷】会有多大差别呢，误差可以接受吗？
（整条链优化确实出现了单条链内的氢键）

邱美佳 发表于 2021-10-26 08:17
卢老师，请问GAFF力场不是只适用于小分子吗？聚合物也能用GAFF力场吗？

从来就没有GAFF只适合小分子一说

有机聚合物的成键特征和有机分子没有太大差异，显然能合理描述有机分子的力场也能用来描述有机聚合物

我看到几篇文章聚合物做MD都是用的GAFF力场，也比较迷惑，求解

sobereva 发表于 2021-10-22 06:35
1 用半经验或GFN-xTB优化没多贵。由于目的只是之后跑动力学，并没必要得到准确的单分子结构，用分子力场凑 ...

卢老师，请问GAFF力场不是只适用于小分子吗？聚合物也能用GAFF力场吗？

sobereva 发表于 2021-10-23 03:59
约束实际聚合物中重复单元那部分的总电荷为整数

参看下文里3.4节拟合氨基酸残基RESP电荷的过程

好的，谢谢Sob老师

naoki 发表于 2021-10-22 10:41
Sob老师好，我想请教一下您边缘封端的结构单元计算RESP电荷具体怎么操作呢，比如用两端用氢或甲基封端， ...

约束实际聚合物中重复单元那部分的总电荷为整数

参看下文里3.4节拟合氨基酸残基RESP电荷的过程
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

sobereva 发表于 2021-10-22 06:35
1 用半经验或GFN-xTB优化没多贵。由于目的只是之后跑动力学，并没必要得到准确的单分子结构，用分子力场凑 ...

Sob老师好，我想请教一下您边缘封端的结构单元计算RESP电荷具体怎么操作呢，比如用两端用氢或甲基封端，需要约束除封端基团外，结构单元总电荷为0吗，谢谢~

1 用半经验或GFN-xTB优化没多贵。由于目的只是之后跑动力学，并没必要得到准确的单分子结构，用分子力场凑合优化一下也可以

2 一条。而且最好是对边缘封端的一个聚合单元来算RESP电荷，整体的原子电荷通过单体的原子电荷拼接得到

3 推荐GAFF。产生小分子拓扑文件的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）用着极其方便，而且和模拟蛋白质的AMBER力场完全兼容，而且RESP电荷本身就是GAFF/AMBER御用的，而且原子类型命名比较舒服。