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模拟生物大分子相互作用的单分子力谱设定

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喵星大佬

发布时间: 2021-10-24 07:53

正文摘要:

本帖最后由喵星大佬于 2021-10-24 07:56 编辑实际此类实验一般通过linker将两个相互作用的生物分子共价键和探针和基底上，然后用AFM测量但是该类问题的模拟中， (1) 是否应该正常使用显式水模型并设置P ...

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HZW 发表于 Post on 2021-10-29 09:59:00

喵星大佬发表于 2021-10-28 02:48
这类测试里面用光镊，磁镊或者AFM的拉伸速度和方式差别也很大，AFM的时候一般速度很快，是按位移拉伸的，磁 ...

模拟中如果做全原子SMD拉伸的话还没办法和单分子实验比较。恒力拉伸一般小于百pN的力没办法拉开生物大分子，不像单分子技术那样几十pN就可以做到；恒速拉伸倒是可以拉开结构，但是这个力又比单分子实验上的力大很多，比如DNA的拉伸往往需要几百pN的力，而像蛋白啥的就需要上千pN，生物体系内感觉不存在如此大的力。做CG-MD好像倒可以和单分子实验对比，对于蛋白我不太清楚，像核酸，一个粗粒化的程序，oxDNA，据说可以做到和单分子实验上的拉伸对比，可以了解下。

喵星大佬 发表于 Post on 2021-10-28 02:48:19

这类测试里面用光镊，磁镊或者AFM的拉伸速度和方式差别也很大，AFM的时候一般速度很快，是按位移拉伸的，磁镊则一般做恒力拉伸而且可以很小，做准平衡的拉伸。模拟的时候就直接按照实验参数设置施加外力/位移吗？

sobereva 发表于 Post on 2021-10-25 11:15:22

1 如果现实中是在水中，就用显式水，按你说的做

2、3、4 最好画个示意图。“通过linker将两个相互作用的生物分子共价键和探针和基底上”有点语病

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