计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：计算配体周围5 Å内的残基的Cα原子的RMSD

求助：计算配体周围5 Å内的残基的Cα原子的RMSD

查看数: 4634 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

liuxu

发布时间: 2021-10-26 11:22

正文摘要:

如图，蓝色为配体，红色为蛋白配体复合物，请问怎么计算配体周围5 Å内的残基的Cα原子的RMSD。

回复 Reply

liuxu 发表于 Post on 2021-10-26 14:56:11

sobereva 发表于 2021-10-26 13:37
把配体周围5 Å内的残基的Cα原子设成索引组，gmx rms计算时候选这个组就行了
可以用我的VMD脚本基于 ...

感谢sobereva大大！

sobereva 发表于 Post on 2021-10-26 13:37:43

把配体周围5 Å内的残基的Cα原子设成索引组，gmx rms计算时候选这个组就行了
可以用我的VMD脚本基于灵活的VMD选择语句创建索引文件：http://bbs.keinsci.com/thread-22211-1-1.html
VMD的选择语句语法见
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register