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求助分子动力学模拟计算凝固点

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发布时间: 2021-10-27 16:02

正文摘要:

大家好,我尝试用GROMACS跑NPT分子动力学来计算氟代碳酸乙烯酯的凝固点(实验值为230K)。模拟过程从300K开始到180K,间隔是5K,每个温度跑5ns,用上一个温度模拟得到的构象作为下一个温度模拟的初始构象。之前也搜索 ...

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喵星大佬 发表于 Post on 2021-10-28 03:09:18
wzkchem5 发表于 2021-10-27 20:04
如果实验上都能看出凝固点与熔点差别很大,那延长模拟时间估计没用。
显然凝固点小于等于熔点,那么如果 ...

不只是时间尺度,在控温/控压的情况下空间尺度的影响也很大
wzkchem5 发表于 Post on 2021-10-27 20:04:03
chemistryxrw 发表于 2021-10-27 09:37
谢谢你的回答。之前也这么想过,但是这个溶剂的凝固点与熔点差别比较大,而且也没有凝固相的结构,那我试 ...

如果实验上都能看出凝固点与熔点差别很大,那延长模拟时间估计没用。
显然凝固点小于等于熔点,那么如果两者差别很大,就说明这个液体容易过冷,起码可以在过冷状态下保持几十秒到几分钟,只有这样,实验上才会发现降到这个温度时液体仍然不凝固。此时你即便跑到微秒级,甚至烧大钱跑到毫秒级的时间,都是无济于事的。

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chemistryxrw 发表于 Post on 2021-10-27 16:37:57
k64_cc 发表于 2021-10-27 16:17
你要是有凝固相结构,就从凝固相开始升温。体系从无序结构变成有序凝固所需要的弛豫时间可能很长。

谢谢你的回答。之前也这么想过,但是这个溶剂的凝固点与熔点差别比较大,而且也没有凝固相的结构,那我试试延长下模拟的时间。
k64_cc 发表于 Post on 2021-10-27 16:17:27
你要是有凝固相结构,就从凝固相开始升温。体系从无序结构变成有序凝固所需要的弛豫时间可能很长。

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