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charmm力场,CGenFF转化小分子拓扑版本不一致问题

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发布时间: 2021-10-29 20:51

正文摘要:

各位老师,各位同学。请问一下,有没有人用过CGenFF把小分子转化为Charmm力场 。有没有人遇到过类似的问题。

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NicoleDH 发表于 Post on 2021-11-2 14:54:31
tjuptz 发表于 2021-10-31 12:42
应该是没啥影响,不过更新下ff文件也挺方便的

请问您说的更新下ff文件是指什么?mackerell lab网页(http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs)上提供的charmm36-jul2021.ff.tgz就是最新的,但它对应的是CGenFF 4.4。我之前也碰到过楼主一样的问题。
tjuptz 发表于 Post on 2021-10-31 12:42:34
应该是没啥影响,不过更新下ff文件也挺方便的
tanyingjia 发表于 Post on 2021-10-31 07:42:32
感谢回答,主要是害怕对后面拓扑的影响。影响到最后的模拟结果。
NicoleDH 发表于 Post on 2021-10-30 20:39:34
CGenFF与charmm36中的CGenFF版本不匹配,我在论坛中貌似看到过,可以正常运行,这里只是个note。不过,不知道对后面的结果有没有影响。

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