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Linux超算如何提交MS任务、查看结果

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发布时间: 2021-11-1 22:50

正文摘要:

Linux下运行materials studio中castep如何提交任务、查看结果本人刚学material studio,想借助Linux系统的超算运行,结果按照下面网上搜罗的帖子提交时,无法生成.cell,求助请问这该如何解决?计算生成的Castepexe. ...

回复 Reply

江淮sh 发表于 Post on 2023-1-18 10:45:31
请问,超算命令行提交作业还需要上传赝势吗?赝势不会伴随在linux上安装相同版本的MS时自己下载吗?
认真学习的呆 发表于 Post on 2022-11-7 10:36:45
xujc1983 发表于 2022-11-5 09:01
CASTEP的Analysis对话框里,找到“Structure”,不就有个“Update”的按钮嘛,可能还需要打开相应的***.c ...

好的,看到啦,非常感谢!
xujc1983 发表于 Post on 2022-11-5 09:01:28
认真学习的呆 发表于 2022-11-2 10:21
请问update在哪找呀,我没找到

CASTEP的Analysis对话框里,找到“Structure”,不就有个“Update”的按钮嘛,可能还需要打开相应的***.castep文件
认真学习的呆 发表于 Post on 2022-11-2 10:21:11
xujc1983 发表于 2022-6-2 16:27
*.cell文件都是隐藏文件,默认不显示的,“查看”的设置改一下就能看到了。计算完的结果,拖回来以后,打开 ...

请问update在哪找呀,我没找到
认真学习的呆 发表于 Post on 2022-11-1 09:26:42
乐平 发表于 2022-5-22 17:58
版本当然要一致。
比如,M$ 2018版中, CASTEP模块里对晶胞参数的优化选项里增加了“固定体积优化”,“ ...

您好,我想问一下那17.1版本和17.2版本差距大嘛,我自己电脑上是17.1版本的,但是学校超算平台上是17.2,那我的计算任务可以在超算平台上计算嘛
曹春鹏 发表于 Post on 2022-10-12 14:55:19
王博 发表于 2021-11-2 11:02
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

请问您这个问题解决了吗?计算后的slurm.out文件应该怎样使用呢?
xujc1983 发表于 Post on 2022-6-2 16:30:27
DRMF 发表于 2021-12-16 22:10
让 超算的客服人员 把 Gateway 信息设置好,然后连接到服务器,在“Castep Calculation”---“Job Control ...

超算不可能给你开gateway的。gateway默认60秒来一次update,那谁受得了

xujc1983 发表于 Post on 2022-6-2 16:27:05
本帖最后由 xujc1983 于 2022-6-2 16:31 编辑

*.cell文件都是隐藏文件,默认不显示的,“查看”的设置改一下就能看到了。计算完的结果,拖回来以后,打开文件夹里的结构文件,分析里里面找到“结构”,update一下就可以了,剩下的分析就跟你自己电脑上做的一样了
乐平 发表于 Post on 2022-5-22 17:58:26
本帖最后由 乐平 于 2022-5-22 12:00 编辑
陈小北 发表于 2022-5-22 05:24
楼主好

我想问一下如果按照你的办法交作业

版本当然要一致。
比如,M$ 2018版中, CASTEP模块里对晶胞参数的优化选项里增加了“固定体积优化”,“固定形状优化”,而 2017版中没有这些选项。如果你的本地是 2018版,而超算上是 2017版,显然提交任务就会报错。

又比如,M$2020版,DMol3 里增加了泛函类型,而旧版本中没有相应的泛函,显然提交任务就会报错。

以上是功能上的区别,还比较好找报错原因。

如果是某些默认参数在不同版本之间有区别,那么由于版本原因造成的奇怪计算结果就很难排查了。

陈小北 发表于 Post on 2022-5-22 11:24:11
楼主好

我想问一下如果按照你的办法交作业

需要本地的MS版本与超算上MS版本一致吗
bluewhale 发表于 Post on 2021-12-16 23:23:18
参考这里,写的挻清楚的:
https://nusit.nus.edu.sg/service ... re/material-studio/
DRMF 发表于 Post on 2021-12-16 22:10:52
让 超算的客服人员 把 Gateway 信息设置好,然后连接到服务器,在“Castep Calculation”---“Job Control”中选择服务器上的Gateway就行了
wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-1 23:36:14
把每一步操作截图贴上来,光这么叙述我们没办法知道你的操作和你给的操作步骤之间存在什么区别

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